Question

我已经看到很多关于该主题的问题，但我无法获得任何解决方案。我相信问题来自于我试图在两个参数之间或从sed命令之间放置的空间。我需要一些帮助。非常感谢

try:
print('filtering vcf files for hwe with: maf '+str(args.maf)+' minDP '+str(args.mdp)+' minQ '+str(args.q))
select_command = os.system("parallel --gnu -j"+str(args.t)+' '+args.vcf+"vcftools --vcf {} --out "+args.i+"$(echo $(basename {}) | sed 's/.vcf//') --remove-indels --maf "+str(args.maf)+" --min-meanDP "+str(args.mdp)+" --minQ "+str(args.q)+" --remove-filtered-all --remove-filtered-geno-all --hwe)

if select_command == 0 :
    print('done')
else :
    print('filtering hwe failed !')     
except OSError as e:
    print("Execution failed ", e)

SyntaxError：扫描字符串文字时的EOL

Answer 1

您正在使用一个额外的引号而没有结束引号。

select_command = os.system("parallel --gnu -j"+str(args.t)+' '+args.vcf+"vcftools --vcf {} --out "+args.i+"$(echo $(basename {}) | sed 's/.vcf//') --remove-indels --maf "+str(args.maf)+" --min-meanDP "+str(args.mdp)+" --minQ "+str(args.q) --remove-filtered-all --remove-filtered-geno-all --hwe)

EOL扫描字符串文字/尝试os.sys（）cmd

1 个答案: