具有大序列的程序错误（C）

Question

我正在尝试用C编写Waterman算法。 现在，当序列的长度超过35时，程序就会滞后。 我不知道从哪里开始寻找，尝试但没有解决任何问题。

以下是代码：

{{1}}

Answer 1

由于null使用gen_random终止s[len] = 0;中的序列，因此应为每个序列分配1个字节：

X = malloc(sizeof(*X) * (length1 + 1));
Y = malloc(sizeof(*Y) * (length2 + 1));

但是，既然您为其他变量定义了可变长度数组，那么您也可以将它们定义为：

char X[length1 + 1], Y[length2 + 1];

然而另一件事导致我的笔记本电脑崩溃：您的嵌套循环从i = 0迭代到i <= m，j = 0到j <= n。这一步太多了，你将界限超出L。

以下是更正后的版本：

for (i = 0; i < m; i++) {
    for (j = 0; j < n; j++) {

生成的代码执行速度非常快，其复杂度在时间和空间上均为O(m*n)，但m和n在35处相当小。它运行时间不到50毫秒，1000 x 1000。

是否正确实施Smith-Waterman算法是另一个问题。