在R中使用geom_net时显示不正确

Question

给出如下数据框：

v1     v2     v3     v4
Tom     A     Jim     B
Gary    A     Shirly  A
Shirly  B     Jack    B
Tom     A     Jack    B
...

v2和v4表示v1和v3中的名称分别属于哪个组。 Tom属于A组，Jim属于v4组。 我想用geom_net绘制一个社交网络，如果它们位于同一行，则会将两个名称的行连接起来，例如Tom和Jim。并且边缘的大小应该与它们在V3中出现的时间成比例，即Jack的边缘应该是Jim和Shirly的两倍大。

我试过

ggplot(df, aes(from_id = V1,to_id = V3)) +geom_net()

但是给出了一个非常糟糕的结果：     

并生成警告：

In f(..., self = self) :
There are 35 nodes without node information:
#And the below are all the values in V1 and V3
Tom, Shirly, ....
Did you use all=T in merge?

我想知道如何以没有x轴或y轴的正确和美观的方式显示结果，并且应清楚地显示边缘之间的关系。边缘＆＃39;颜色应代表它们所属的组。这意味着同一组中的所有名称都应具有相同的颜色。

希望得到你的帮助！提前谢谢！

Answer 1

我也在努力解决这个问题，直到我弄清楚geom_net包的正确data.frame结构是什么。基本上你需要的是一个data.frame，它有两个部分：在第1部分中，你通过提供FROM和TO列来描述边（绘制的线）。可选地，可以在单独的列中提供附加信息，例如，线宽

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE)

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

但是你会注意到一些节点（顶点）没有标记。所以这就是data.frame的第2部分很重要的地方。在第2部分中，您提供要标记的节点的名称。这是因为geom_net只标记FROM节点而不标记TO节点，因此您至少需要提供未用作FROM点的节点的名称。

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
Helen Jack 3
Jim NA NA
Jack NA NA
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

上面发生了几件事：1）我添加了“Jim NA NA Jack NA NA”作为未标记节点的标签，2）还添加了na.strings =“NA”以确保read.table（）正确解释NA值，和3）我将线宽参数添加到aes，以便它从data.frame映射到绘图。

此外，一旦为所有节点提供名称，警告消息“有没有节点信息的XX节点”就会消失。

希望有所帮助 编辑：根据要求我添加了结果输出。由于geom_net（）每次运行时都会更改布局，因此我添加了两个示例图像

为了完成整个data.frame构建过程，我在下面列出了一个案例，你有两个独立的data.frames，你需要将它们合并在一起：第一个data.frame用于行（边缘）和第二个是节点（顶点）。

lines <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Ivy 0.1
Gary Ivy 1
Shirly Ivy 0.5
Tom Helen 2
Helen Ivy 3
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

nodes <- read.table(text ="
name
Tom
Jim
Gary
Shirly
Jack
Helen
Susan
Joel
Ivy
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE,na.strings = "NA")

df <- merge(lines, nodes, by.x = "from", by.y = "name", all = TRUE)

p <- ggplot(data = df, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

Answer 2

这里是geomnet的维护者。如果可能，请将未来的问题发布到github.com/sctyner/geomnet/issues。 @hackR有正确的想法，其中有几个例子在文档中。这个想法是：你有一个边数据框有一个from_id和一个to_id列（+其他列），你还有一个带有id列的顶点数据框（+其他列）。然后你合并它们：

network_data <- merge(edges, vertices, by.x = "from_id", by.y = "to_id", all = T)

不要忘记包含all = T参数！

谢谢，山姆。