当应用于R中的树状图时,`merge`实际上做了什么?

时间:2016-01-24 11:09:39

标签: r merge hierarchical-clustering dendrogram

我很难理解合并两个树形图时R函数merge的确切作用。 实际问题是:

如何获得节点的高度(合并两棵树)?

树状图通过不同的聚集方法构建的事实 也可以是联合,意味着该功能不使用任何Lance-Williams更新。 通过分割任何树形图的根节点然后重建它也可以确认这一点 通过merge:最终高度与原始高度不同:

# data to get the dissimilarity matrix from
mydata <- matrix(c(3,4, 9,10,11)) 

# computing Euclidean distances
dissMatrix <- dist(mydata)

# hierarchical clustering through complete linkage
hc1 <- hclust(dissMatrix)

# original height
max(hc1$height)
[1] 8

# splitting the tree
hc1_children <- lapply(split(mydata, cutree(hc1, 2)), function(x) 
                                              as.dendrogram(hclust(dist(x))))

# merging the "child" dendrograms
hc1_rebuilt <- merge(hc1_children[[1]], hc1_children[[2]])

# final height
max(as.hclust(hc1_rebuilt)$height)
[1] 2.2

任何启蒙都非常感激。显示merge对此示例数据的处理方式非常棒。

1 个答案:

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帮助文件中写了什么:

  

应合并两个树形图的高度。如果不   指定(或NULL),默认值比   (较大的)两个组件的高度。