knitr markdown从项目文件夹中删除图像文件

时间:2016-01-19 23:46:41

标签: r knitr r-markdown pandoc

我有这个基本的R降价文件:

---
title: 'test'
output:
  html_document
---

![myimage](test.png)

可以在项目文件夹中找到文件test.png。如果我第一次编译文档时一切都很好:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmpYYJgwp/rmarkdown-stree426f43954e.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 


processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md


Output created: test_file.html

但如果我第二次编译它(没有改变任何东西),我会收到这个错误:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code




processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md

/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmprFBDzb/rmarkdown-streef56b8e7e99.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 
pandoc: Could not fetch test.png
test.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

如果我查看我的项目文件夹,图像test.png就消失了。在第一次编辑文档的过程中,图像被删除。我每次都可以重现它。当然,第二次编译缺少它。我在R块中加载的.RData文件也会发生这种情况。我甚至试图将文件保存在一个单独的文件夹中,并且每次在我的项目文件夹中复制它们我编译我的文档(使用命令file.copy())。但是外部文件夹中的文件也会消失。似乎markdown文档中提到的每个文件都被删除或移动到其他地方。

我发现只有当markdown文件的名称包含test file.Rmd这样的空格时才会发生这种情况。从这个文件生成的Html页面格式化test_file.html所以我想一些转换为没有空格的文件名会发生。

我认为这是一个我应该报告错误跟踪器的错误,但由于我不知道这是关于rmarkdown,knitr,pandoc,RStudio还是别的我在这里发布的。

我的会话信息:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.11

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

根据此问题更新至rmarkdown_0.9.2解决了问题:https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580