Question

我试图测量雏鸟从原来的巢址移动到他们明年建立的地区的距离。我想使用spatstat包来做这件事，但是我的输出有一些功能（例如，nncross，nndist，crossdist）。这是我的代码的样子，数据在这里：https://sites.google.com/site/datastackoverflow/shapefiles

library(raster)
library(spatstat)
library(maptools)

# read in shapefile with nest locations (UTMs) and convert to ppp format:
nests <- readShapeSpatial("nest_locs.shp")
X<-as.ppp(nests)
X

# read in shapefile with juvenile locations (UTMs) and convert to ppp format:
juvs <- readShapeSpatial("juv_locs.shp")
Y<-as.ppp(juvs)
Y

# calculate the distance between nest points and juveniles:
N<-nncross(X,Y)
N

# another option
crossdist(X, Y)

结果看起来像这样：

> crossdist(X, Y)
     [,1]     [,2]
[1,] 2756.546 1994.002
[2,] 3831.429 3466.360

是否可以保留点ID，在这种情况下是nestID和相应的birdID而不是行号和列号？

Answer 1

请在您的代码中提供一些示例数据，而不是要下载的文件。

＆＃34; ID＆＃34;在R中是常见的隐式：行与X的顺序相同，列的排序为Y。你可以做到

z <- crossdist(X, Y) 
rownames(z) <- X$nestID 
colnames(z) <- Y$birdID

您也可以使用raster :: pointDistance。

Answer 2

在crossdist的情况下，@ Robertbe回答了你的回答。对于nncross，函数为每个嵌套（X）找到最接近此嵌套的鸟（Y）。最近的鸟的索引位于which中标记为N的列中。您应该可以将其转换为birdID这样的代码（我没有运行代码，因此未经测试）：

N$which <- Y$birdID[N$which]

Answer 3

只是为了澄清：

crossdist(X,Y) 计算{em>每个点X到每个点Y的距离并返回矩阵距离d d[i,j]是X[i]到Y[j]的距离。 X的点对应d行。 Y的点数对应d。
nncross(X,Y)为每个点X[i]找到Y中最近的点，默认情况下，返回到此最近点（$dist[i]）的距离和最近点（$which[i]）的序列号。也就是说，$which[i]=j如果X[i]的最近邻居是Y[j]。如果Y的点具有其他属性（如ID字符串），则只需使用序列号（$which）来提取相关条目。
nndist(X)和nnwhich(X)对单点模式X进行操作。他们在同一点模式中找到每个点X[i]最近的邻居，比如说X[j] j != i。然后nnwhich返回索引j，而nndist返回距离。

在spatstat中通过ID测量点之间的距离

3 个答案: