Question

我正在编写一个程序来计算DNA文件中各种长度核苷酸模式出现的频率。我使用的是Python 3.3.3。我的问题与输出到文本文件是不完整的，并且使用print命令不匹配输出。

这是我对该问题的第二次编辑，我希望这可以解决问题。在下面的代码中，如果删除open（）行，则IDE的输出是四行，每行一个字母。如果我将该行留在中，外部输出文件有三行，每行一个字母，第四个字符不打印。使用output命令会产生相同的不完整输出文件。

import sys
H = "agtc"
pattern = ""
for x in H:
    count = 1
    if x == 'a' or x == 'g' or x == 't' or x == 'c':
        while count < 5:
            pattern = x
            count += 1
    sys.stdout = open ('C:/Users/Owner/Desktop/tetramers.txt', 'a')
    print (pattern)

Answer 1

单字答案是“缓冲”，解决方案是with关键字（和/或buffering=1），但让我引导您完成一个过程帮助计算出这种事情。

我在我的计算机上使用命令行Python解释器运行了您的示例，它没有出现问题（输出文件包含所有四行）。当您编辑问题并提到“输出到IDE”时，我意识到这可能是一个环境差异。我在Python附带的“IDLE”IDE中尝试了相同的代码，我看到了你描述的问题（输出文件只包含三行）。

问题是文件输出，所以我专注于找到文件输出代码：

import sys
H = "agtc"
...
for x in H:
    ...
    if ...:
        ...
    ...
    sys.stdout = open ('C:/Users/Owner/Desktop/tetramers.txt', 'a')
    print (...)

我们可以简化为：

import sys

for x in "agtc":
    sys.stdout = open('C:/Users/Owner/Desktop/tetramers.txt', 'a')
    print(...)

现在就是这样，更容易看到代码打开文件四次，但从未明确关闭它。

现在，当我第一次看到sys.stdout = ...时，我对此表示怀疑。重新分配标准输出不是我每天都做的事情，我想知道这是否可能是问题的一部分。我在不更改stdout的情况下尝试open文件：

for x in "agtc":
    f = open('output.txt', 'a')
    print(x, file=f)

它提供相同的输出（三行而不是四行），所以我想重新分配stdout不是问题。尽管如此，这仍然是一个不那么复杂的问题，所以我们会在弄清楚的时候保留更简单的代码。

接下来是什么？我想我知道了，但我现在还要保留这一点 - 这个答案是为了演示思考过程并给你一些调试技巧，你可以在将来使用这些技术来确定与文件无关的问题和缓冲区。

您在评论中提到将open()移动到循环外部会导致文件为空。这是一个有点不对的暗示：每次打开文件应该更慢，但没有不同的输出。

让我们确认：

f = open('output.txt', 'a')
for x in "agtc":    
    print(x, file=f)

就像你说的那样......没有输出。（同样，从IDLE运行时没有输出。它从我的命令行Python生成所有四行。）

因此，当open()在之前发生四次print()次调用时，没有输出，但当open()发生之间四个print()调用有一些输出，但不是全部。听起来像是一个“fencepost”错误。让我们“展开”for循环：

f = open('output.txt', 'a') print("a", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("g", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("c", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("t", file=f)

循环在展开时应该表现相同，实际上这个循环产生与以前相同的三行 - print()在open()调用之间调用。如果我们确保print()来电的所有都在open()次来电之间会发生什么？

f = open('output.txt', 'a') print("a", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("g", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("c", file=f) f = open('output.txt', 'a') print("t", file=f) f = open('output.txt', 'a')

所有四行都在输出中。现在，显然，在open()之前和之后调用print()并不是一个有用的最终解决方案，但它是我们可以用来理解我们遇到的一些谜团的有用的踩踏石。让我们回到我们首先打开文件然后循环写入的示例。它之前是空白的，但是如果我们应用print()似乎在两个open()之间似乎有用的新知识会怎样？

f = open('output.txt', 'a') print("a", file=f) print("g", file=f) print("c", file=f) print("t", file=f) f = open('output.txt', 'a')

输出所有行。因此，并非每个print()都需要两次open()次呼叫。好。但不是那么好，因为很明显，在完成所有工作后调用open() 没有多大意义。完成后关闭文件会更有意义。等一下......

文件对象是否有close()方法或类似的东西？我们来看看文档。官方Python 3教程的“Reading and Writing Files”部分说：

完成文件后，请调用f.close（）将其关闭并释放打开文件占用的所有系统资源。在调用f.close（）之后，尝试使用该文件对象将自动失败。

所以是一个close()方法。我们在代码中尝试一下：

f = open('output.txt', 'a') print("a", file=f) print("g", file=f) print("c", file=f) print("t", file=f) f.close()
嘿，看那个。它的工作原理和是有道理的。好多了。

本教程的下一段也非常有趣：

在处理文件对象时，最好使用with关键字。这样做的好处是文件在套件完成后正确关闭，即使在途中引发了异常。

如果您刚开始使用，那么这个新关键字现在可能有点混乱 - 没关系，您可以手动清理，直到您做好准备。看起来有点像这样：

with open('output.txt', 'a') as f: print("a", file=f) print("g", file=f) print("c", file=f) print("t", file=f)

还有一个尚未解决的谜团：为什么没有问题出现在我的命令行Python中？在IDLE中运行的Python对于保持打开文件更敏感吗？这值得研究，但这个答案足够长（并且可能覆盖的比你想要的还多）。

输出的最后一行没有写入文件

1 个答案: