如何使用R压缩的PyTables CArray?

时间:2016-01-15 00:53:51

标签: python r pytables

使用PyTables我创建了一个压缩的CArray:

f = tables.openFile('/myPath/test.h5', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(myNumpyArray.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'myArray', atom, myNumpyArray.shape, filters=tables.Filters(5, 'blosc'))
ds[:] = myNumpyArray
f.close()

如何将数组加载到R?我试过了'rhdf5'包但是得到这个错误:

  

H5Dread错误(h5dataset = h5dataset,h5spaceFile = h5spaceFile,h5spaceMem = h5spaceMem,:     HDF5。数据集。阅读失败。

是否可以在R中使用这种数组?如果是,是否可以只加载数组的一部分而不是整个数组? 希望可以有人帮帮我。谢谢。

1 个答案:

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PyTables存储了元数据。您需要一个自定义功能,请参阅

https://support.bioconductor.org/p/64483

了解详情。