哪个PETSc和MPI适用于Ubuntu的双核系统

Question

我正在从事科学计算，并为多CPU系统开发基于petsc的应用程序。

出于调试目的，我想在我自己的电脑上安装这个软件，这是一个运行Ubuntu（Karmic Koala）的双核系统。

但我不知道要使用哪些资源。网上有debian软件包和源代码存档。我知道在编译和链接这些软件包时存在各种问题，因此我最想避免的是这个问题！

我不关心性能（至少不是太多），因为我只会将此软件用于调试，因此可用性对我来说是最重要的。

有人可以提供建议吗？

Answer 1

使用原生（即Ubuntu）软件包时，如果没有任何具体原因，请执行此操作。

Answer 2

试试CentOS。它基于Red Hat Linux并且是免费的。我们开发了一个科学的软件包，找到了便于调试和开发的环境。

Answer 3

使用Open MPI或MPICH2（从包管理器获取），我有点喜欢前者。如果你确定这个第三方项目的代码是坚如磐石的，那么你可以使用Ubuntu包，但是如果它大量使用PETSc并且你打算调试那个库，那么你应该在调试模式下构建自己的PETSc （打包版本仅进行了优化）。

PETSc仅在调试模式下进行大量完整性检查，包括

• 放置标记以检测客户端内存错误。
• 检查索引集是排序还是不相交，还是排列。
• 跟踪堆栈，以便它可以在错误或信号（如SEGV）上打印正确的堆栈跟踪（file:line function()）。
• 记录内存，以便在程序退出时可以在摘要中打印泄漏内存的分配堆栈快照（类似于valgrind，但速度提高1000倍）。

如果您正在调试客户端代码，这将节省大量时间。如今建造PETSc非常简单，但如果您遇到问题，请向petsc-usein@mcs.anl.gov询问petsc-maint@mcs.anl.gov（无需订阅）或列表。