Question

我是该套餐的维护者＆＃39; rase＆＃39; (link)。

自2015年11月9日以来，我还没有改变代码，因为软件包可以毫无问题地加载。但是，我收到电子邮件时询问加载包时出现以下问题：

> library(rase)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘Biostrings’
Error: package or namespace load failed for ‘rase’

然后我尝试在自己的计算机上执行此操作，并收到相同的消息。在我最后一次成功加载包（2015年11月）和现在之间，我将R升级到v 3.2.3。天真地，我重新安装了v3.2.2，但出现了同样的错误。我已经彻底检查了rase代码(git here)，但没有进行任何更改，也没有任何参考＆＃39; Biostrings＆＃39; （或其中的任何功能）。＆＃39; RASE＆＃39;依赖和导入不包括＆＃39; Biostrings＆＃39;。

任何帮助都会非常感激，因为我不知道为什么会发生这种情况（我在创建软件包时是新手）。我想我可以安装Biostrings＆＃39;但我不想做出看似不必要的依赖。

这是我的sessionInfo：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)    
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ape_3.4          data.table_1.9.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] quadprog_1.5-5          lattice_0.20-33         mvtnorm_1.0-3           msm_1.6                
 [5] MASS_7.3-43             chron_2.3-47            grid_3.2.2              nnls_1.4               
 [9] nlme_3.1-121            magrittr_1.5            Matrix_1.2-2            splines_3.2.2          
[13] tools_3.2.2             igraph_1.0.1            maps_3.0.2              parallel_3.2.2         
[17] numDeriv_2014.2-1       survival_2.38-3         mnormt_1.5-3            clusterGeneration_1.3.4
[21] animation_2.4           expm_0.999-0

Answer 1

Biostrings是BioConductor程序包，您可以按照on this page的说明安装：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

如果您将BioC添加为系统上的已知存储库，它也可以通过install.packages()进行安装。例如，这样做

r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
r["BioCsoft"] <- "http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc"
options(repos = r)

在.Rprofile或Rprofile.site。

中

R在加载包时要求未知的依赖性

1 个答案: