Question

我正在尝试从另一个perl脚本运行bp_genbank2gff3.pl（bioperl包）得到一个genbank作为其论点。

这不起作用（不生成输出文件）：

   my $command = "bp_genbank2gff3.pl -y -o /tmp $ARGV[0]";

   open( my $command_out, "-|", $command );
   close $command_out;

但是这样做

   open( my $command_out, "-|", $command );
   sleep 3; # why do I need to sleep?
   close $command_out;

为什么？

我认为close应该阻止，直到命令完成：

关闭任何管道文件句柄会导致父进程等待孩子要完成...... （见http://perldoc.perl.org/functions/open.html）。

修改

我在最后一行添加了这个：

say "ret=$ret, \$?=$?, \$!=$!";

并且在两种情况下打印输出都是：

ret=, $?=13, $!=

（这意味着close在两种情况下都失败了，对吗？）

Answer 1

$? = 13表示您的子进程已被SIGPIPE信号终止。您的外部程序（bp_genbank2gff3.pl）尝试将一些输出写入您perl程序的管道。但perl程序关闭了管道的末尾，因此您的操作系统向外部程序发送了SIGPIPE。

通过sleep 3秒钟，你让你的程序在操作系统杀死之前运行3秒钟，这样就可以让你的程序完成任务。请注意，管道的容量有限，因此如果您的父perl脚本没有从管道中读取，并且外部程序正在大量写入标准输出，则外部程序的写入操作最终会阻塞，您可能会你的外部程序并没有真正得到3秒的努力。

解决方法是从外部程序中读取输出，即使您只是要扔掉它。

open( my $command_out, "-|", $command );
my @ignore_me = <$command_out>;
close $command_out;

<小时/>

更新：如果您真的不关心命令的输出，可以通过将输出重定向到SIGPIPE来避免/dev/null问题：

open my $command_out, "-|", "$command > /dev/null";
close $command_out;     # succeeds, no SIGPIPE

当然，如果你要忽略输出那么麻烦，你也可以使用system。

其他信息：正如OP所说，关闭管道文件句柄会导致父级等待孩子完成（使用waitpid或类似的东西）。但在开始等待之前，它会关闭管道的末尾。在这种情况下，该结尾是子进程正在将其标准输出写入的管道的读取结束。下一次孩子尝试将某些内容写入标准输出时，操作系统会检测到该管道的读取端已关闭，并向子进程发送SIGPIPE，将其终止并快速释放close语句在父母完成。

Answer 2

我不确定你要做什么，但system在这种情况下可能更好......

perl中管道文件句柄的问题

2 个答案: