Question

我想知道这件事。如果基因组间隔得分值的表达式为：gr $ score = log10（gr $ p-value）;然后p值将是：gr $ p-value = 10 ^ -10 / gr $得分。对我来说，以这种方式获得p值的表达并不优雅。是否正确表达了转换R中的p值？

expression 1: gr$score = -10*log10(gr$pvalue)
             OR
             gr$score = -1* log10(gr$pvalue)

expression 2: gr$pvalue = 10^ -10/ gr$score

如何给出表达式1的pvalue标准化？谢谢大家

Answer 1

让我们首先生成这个可重现的数据：

gr <- GRanges(
  seqnames=Rle(c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), c(5, 6, 4, 3)),
  ranges=IRanges(seq(1, by=9, len=18), seq(6, by=9, len=18)),
  rangeName=letters[seq(1:18)], score=sample(1:25, 18, replace = FALSE))

然后pvalue：

pvalueBase <- c(1,10,100)
p.value <- 10^(score(gr)/(- pvalueBase))

如果给出基因组间隔的得分值，怎样才能获得p值？

1 个答案: