Question

最终我将要使用RNetLogo将NetLogo网络传递给R，以便R可以使用包igraph和keyplayer或influenceR进行一些网络分析，然后将结果传递回NetLogo。我目前正在分别运行NetLogo和R，以便在将R代码放入RNetLogo所需的格式之前确保我的R代码正常工作。

我在NetLogo中创建网络并传递给igraph，但igraph对于图形格式是不稳定的。传输的最佳格式似乎是gml，但用于保存gml的NetLogo网络扩展不满足igraph要求。

我写了一个简单的gml导出。看起来像：

to export-simple-gml
  carefully [ file-delete "temp.gml" ] [ ]
  file-open "temp.gml"
  file-print "graph" file-print "["
  file-print "  directed 0"
  ask turtles
  [ file-print "  node" file-print "  ["
    file-type "    id " file-print who
    file-print "  ]"
  ]
  ask links
  [ let source one-of both-ends
    let target [other-end] of source
    file-print "  edge" file-print "  ["
    file-type "    source " file-print [who] of source
    file-type "    target " file-print [who] of target
    file-print "  ]"
  ]
  file-print "]"
  file-close
end

R导入代码非常简单：

library(igraph)
gg <- read_graph(file = "temp.gml", format = "gml")

如果我在运行NetLogo功能时关闭R，然后关闭NetLogo并打开R进行导入，这一切都有效。但是，如果我在先前测试导入后打开了R，它就会失败。如果我没有关闭NetLogo，则导入失败。如果我从NetLogo导出时打开R，则会附加导出文本而不是替换文件。

NetLogo有没有办法强制释放文件？或者，有没有办法从R覆盖NetLogo对（已关闭但未发布）文件的控制？

Answer 1

我试图重现此问题，但未能这样做。我正在使用

NetLogo 5.3（Mac OS X）
R 3.2.3
igraph 1.0.1

我还尝试使用R read.csv编写和阅读CSV。我无法复制你描述的确切问题。你有可能在这个程序以外的任何地方打开文件吗？您的上述任何一种版本都不同吗？

我注意到的一件事是，当文件原语出错时，文件保持打开状态，这可能导致上述过程写入无效的gml文件。我建议在该功能的顶部调用file-close或file-close-all，就像使用file-delete一样。

当NetLogo打开

1 个答案: