我最近开始使用ggplot2
和plotly
。当我在plotly
的网页上找到一个非常有趣的教程时:
https://plot.ly/ggplot2/ggdendro-dendrograms/
关于交互式热图的创建,我对代码的某些部分有一些非常具体的问题
1)我有点困惑的第一个问题是:
我在开始时看到第一个数据缩放:
x <- as.matrix(scale(mtcars))
然后,在下面的#heatmap:
部分xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord]
那么,为什么第二次缩放与对象col.ord
和row.ord
一起使用?或者它与原始数据缩放的目的不同?
此外,如果我使用例如不同类型的数据,例如已经规范化的微阵列数据集 - 如果我想再次扩展我的数据,我应该只使用第二个缩放功能?这类似于:
xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord]
2)通过哪个函数或参数:
i)我可以调整列名以使其更清晰吗?
ii)将调色板更改为具有不同的颜色范围??