关于有关交互式热图的教程的问题

时间:2016-01-12 00:51:25

标签: r ggplot2 heatmap plotly

我最近开始使用ggplot2plotly。当我在plotly的网页上找到一个非常有趣的教程时:

https://plot.ly/ggplot2/ggdendro-dendrograms/

关于交互式热图的创建,我对代码的某些部分有一些非常具体的问题

1)我有点困惑的第一个问题是:

我在开始时看到第一个数据缩放:

x <- as.matrix(scale(mtcars))

然后,在下面的#heatmap:

部分
xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord]

那么,为什么第二次缩放与对象col.ordrow.ord一起使用?或者它与原始数据缩放的目的不同? 此外,如果我使用例如不同类型的数据,例如已经规范化的微阵列数据集 - 如果我想再次扩展我的数据,我应该只使用第二个缩放功能?这类似于:

xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord]

2)通过哪个函数或参数:

i)我可以调整列名以使其更清晰吗?

ii)将调色板更改为具有不同的颜色范围??

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