Question

我一直在挣扎这一段时间，我不知道我做错了什么。我试图在容器内运行shell脚本，shell脚本从shell脚本所在的目录中读取python脚本。但我得到这个错误说`python：无法打开文件'get_gene_length_filter.py'：[Errno 2]没有这样的文件或目录'。

这是我的Dockerfile：

FROM ubuntu:14.04.3
RUN apt-get update && apt-get install -y g++ \
                make \
                git \
                zlib1g-dev \
                python \
                wget \
                curl \
                python-matplotlib \
                python-numpy \
                python-pandas

ENV BINPATH /usr/bin
ENV EVO2GIT https://upendra_35@bitbucket.org/upendra_35/evolinc_docker.git
RUN git clone $EVO2GIT
WORKDIR /evolinc_docker
RUN chmod +x evolinc-part-I.sh && cp evolinc-part-I.sh $BINPATH

RUN wget -O- http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz | tar xzvf -
RUN wget -O- https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/2.0.1.tar.gz | tar xzvf -

ENV PATH /evolinc_docker/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/:$PATH
ENV PATH /evolinc_docker/TransDecoder-2.0.1/:$PATH
ENTRYPOINT ["/usr/bin/evolinc-part-I.sh"]
CMD ["-h"]

这是我的git repo代码：

#!/bin/bash
# Create a directory to move all the output files
mkdir output
# Extracting classcode u transcripts, making fasta file, removing transcripts > 200 and selecting protein coding transcripts
grep '"u"' $comparefile | gffread -w transcripts_u.fa -g $referencegenome - && python get_gene_length_filter.py transcripts_u.fa \
    transcripts_u_filter.fa && TransDecoder.LongOrfs -t transcripts_u_filter.fa

这就是我的运作方式：

docker run --rm -v $(pwd):/working-dir -w /working-dir ubuntu/evolinc -c AthalianaslutteandluiN30merged.gtf -g TAIR10_chr.fasta

Answer 1

我要猜测并假设get_gene_length_filter.py在/evolinc_docker中，工作目录在Dockerfile中声明。不幸的是，当您运行docker run ... -w /working-dir ...时，工作目录将为/working-dir，因此Python将在get_gene_length_filter.py中寻找/working-dir，但显然找不到它。编辑您的shell脚本，以完整的绝对路径引用get_gene_length_filter.py：python /evolinc_docker/get_gene_length_filter.py。

Answer 2

您的陈述

shell脚本从shell脚本所在的目录中读取python脚本。

错了。

在您的shell script中，当您致电python get_gene_length_filter.py时，不会假定get_gene_length_filter.py文件与shell脚本位于同一目录中，而是假设其处于当前工作状态。目录

描述相对于当前shell脚本目录的路径use a variable set as follow：

SCRIPT_DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"

然后你会用：

调用你的python脚本

python $SCRIPT_DIR/get_gene_length_filter.py

这样，无论工作目录是什么，shell脚本都可以正常工作。

当我尝试在Docker容器中运行shell脚本时无法打开文件

2 个答案: