Question

我使用开箱即用的Anaconda安装来使用Python。现在我已经读过，可以在此安装中“包含”R世界，并在 Jupyter / Ipython笔记本中使用IR内核。

我找到了安装一些着名R包的命令： conda install -c r r-essentials

我的初学者的问题：

如何安装 R-essential 包中未包含的R包？例如CRAN上可用的R包。 “pip”仅适用于PyPI Python包，不是吗？

Answer 1

现在我找到了文档：

这是解释如何生成仅在CRAN存储库中可用的R包的文档： https://www.continuum.io/content/conda-data-science

转到＆＃34;构建conda R包＆＃34;。

（提示：只要anaconda.org下的R包可以使用此资源。请参见：https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r）

alistaire 的答案是添加R套餐的另一种可能性：

如果您通过常规system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", args=strsplit("-cwd -v arg1,arg2,arg3 -o out.txt -e err.txt script.sh", " ")[[1]])（来自CRAN镜像）或install.packages（来自GitHub）从R内部安装软件包，它们可以正常工作。 @alistaire

如何执行此操作 打开（独立）R安装，然后运行以下命令：

devtools::install_github

将新包添加到Jupyter使用的正确R库中，否则该包将安装在中提到的/home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs中.libPaths（）。

Answer 2

在R-essentials以外的Jupyter上安装其他R套件

denominator

一个问题是特定存储库是install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')（如下所示）。我尝试了其他人但没有用。

N.B。将US.R-Project替换为要安装的任何所需包名称。

Answer 3

我找到了一个简单的解决方法。我想你有一个RStudio IDE。使用RStudio是很奇怪的，但是我在终端直接尝试了R，它没有用。所以，在RStudio控制台中，只需通常添加你的anaconda目录的路径（在OSX中，'/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library'）

所以，例如，

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

发布这样一个非常奇特的答案我感到很惭愧，但这是唯一对我有用的答案。

Answer 4

这是一个以康茄为中心的答案。它建立在弗兰克的答案和连续统一网站https://www.continuum.io/content/conda-data-science的基础上，并提供更多细节。

r-essentials中没有的一些软件包仍可在conda频道上使用，在这种情况下，它很简单：

conda config --add channels r
conda install r-readxl

如果您需要构建一个包并使用conda进行安装：

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

连续体网站中缺少最后一行，因为它们假设它首先发布到anaconda存储库。如果没有它，将不会在envs /目录中放置任何内容，并且命令行R或Jupyter无法访问包。

在Mac上，我发现为包构建安装Clang编译器非常重要：

conda install clangxx_oxs-64

Answer 5

在此处添加它，以便其他已经在使用Python的Jupyter笔记本电脑工作并且对将其与R一起使用感兴趣的初学者：可以使用与安装基本软件包相同的命令通过终端安装可用于Anaconda的其他软件包。

安装r-essentials

MAPIOBJECT

安装微基准测试（基础结构以准确测量和比较R表达式的执行时间）

conda install -c r r-essentials

Answer 6

有人提出了一种不那么优雅的方式，但只要有效，它就是优雅的。

install.packages（ '包'， '/用户/ yourusernamehere /安纳康达/ LIB / R /库'）

我花了差不多整个上午都在寻找这个问题的答案。我能够在RStudio上安装库，但不能在Jupyter Notebook上安装（他们有不同版本的R）上面的解决方案“几乎”工作，只是我发现Jupyter笔记本试图安装在不同的目录中，它会报告目录。所以我只改变了它，它起到了魅力......感谢Dninhos

Answer 7

使用conda安装 rpy2 ，并在Jupyter笔记本中添加以下行。

%load_ext rpy2.ipython

在下一个块中，您可以通过指定％R

来运行任何r代码

以下是我最喜欢的安装和/或加载r package的方法

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

p_load参数将安装+加载包如果它不在你的库中，否则它只会加载它。

Answer 8

要从命令行安装CRAN软件包：

R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"

Answer 9

我尝试使用标准命令行CRAN存储库安装R包ggplot2，tidyverse等，并遇到了多个问题和问题。

从无法使用的“init.tcl”文件到15个字符错误的字符串。我可以使用Conda安装和WWW.Anaconda.org网站了解详情。这在Anaconda目录体系结构中安装了R软件包，可以在Anaconda Navigator的Jupyter笔记本中的终端，RStudio和R环境中的R中执行。

例如：conda install -c r r-tidyverse 非常容易并且第一次工作。
[在Kubuntu 17.04上使用Anaconda Navigator 1.6.2; R版本3.3.2（2016-10-31）]

conda - 如何安装“R-essentials”中没有的R软件包？

9 个答案: