有效地将字符串附加到unix中的每个文件行

Question

我有一个制表符分隔文件，我想在每行的每个第一个字段之前追加字符串“chr”，除了第一行是标题行（并以“＃”字符开头）。< / p>

例如，第二行是：

1       51476   snp_1_51476     T       C       100     PASS

我希望它是：

chr1       51476   snp_1_51476     T       C       100     PASS

对于拥有大约1000万行的文件，unix实现此目的的有效方法是什么？

Answer 1

只需使用awk：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR>1 {$1="chr"$1}1' file

除第一行外，每行添加“chr”。然后，1触发每一行的打印。

否则，sed：

sed '2,$s/^/chr/' file

这会将后缀chr添加到从第二行开始的所有行。添加-i即sed -i '2,$s/^/chr/' file将进行替换。

要对当前目录中的每个文件执行此操作，请说：

for file in *
do
   awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR>1 {$1="chr"$1}1' file > tmp_file && mv tmp_file file
done