Question

我正在尝试将R连接到Teradata以将数据直接拉入R进行分析。但是，我收到错误，

Error in .jcall(rp, "I", "fetch", stride, block) :
  java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

我尝试设置我的R选项以通过执行以下操作来增加JVM的最大堆大小：

options(java.parameters = "-Xmx8g")

我还尝试使用rJava函数.jinit初始化java参数：.jinit(parameters="-Xmx8g")。但仍然失败了。

计算出的数据大小应约为3G（实际上小于3G）。

Answer 1

您需要确保在加载rJava或任何其他软件包之前分配额外的内存。首先擦除环境（通过rm(list = ls())），如果必须，重新启动R / Rstudio，并修改脚本开头的选项。

options(java.parameters = "-Xmx8000m")

参见例如https://support.snowflake.net/s/article/solution-using-r-the-following-error-is-returned-javalangoutofmemoryerror-gc-overhead-limit-exceeded

Answer 2

我以某种无法再现的方式遇到了这个问题，用-Xmx8g部分地解决了这个问题，但是随机遇到了问题。

我现在通过使用

找到了一个具有其他垃圾收集器的选项

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
library(xlsx)

脚本开头的

。到目前为止，该问题不再发生。

编辑：
我弄清楚了，我们甚至可以组合多个java参数。因此，该解决方案到目前为止并未失败。

编辑2： 因此，关于这一解决方案，还有一件事情，我今天想通了，在加载任何其他软件包之前执行options命令是很省钱的！！！由于某些软件包本身会加载一些Java东西，因此必须在R会话的开始时设置选项！

Answer 3

在 Mac 上运行以下两行代码（在加载任何包之前）对我有用：

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
gc()

这基本上结合了之前在此处发布的两个建议：重要的是，仅运行第一行（如 drmariod 所建议的）并不能解决我的问题。但是，当我在第一行之后（如 user2961057 建议的那样）另外执行 gc() 时，问题就解决了。

如果它仍然不起作用，请重新启动 R 会话，然后尝试（在加载任何包之前）改为 options(java.parameters = "-Xmx8g")，然后直接执行 gc()。或者，尝试将 RAM 从 "-Xmx8g" 进一步增加到例如"-Xmx16g"（前提是您至少有同样多的 RAM）。

编辑：进一步的解决方案：虽然我不得不在 R 中使用 rJava 进行模型估计（从大量 X 中解释了 y），但我一直收到上述信息'OutOfMemory' 错误，即使我扩展到 "-Xmx60000m"（我使用的机器有 64 GB RAM）。问题是某些型号规格太大了（并且需要更多的 RAM）。在这种情况下可能有帮助的一种解决方案是缩小问题的规模（例如，通过减少模型中 X 的数量），或者——如果可能的话——将问题分成独立的部分，分别估计每个部分，然后将这些部分放在一起再次。

Answer 4

我添加了垃圾回收，这为我解决了这个问题。我正在使用RJDBC连接到Oracle数据库。
只需添加gc（）

R错误：java.lang.OutOfMemoryError：Java堆空间

4 个答案: