所以我有一个看起来像这样的文件:
#!/usr/bin/python
import MySQLdb
import subprocess
from subprocess import call
import re
conx = MySQLdb.connect (user = 'root', passwd = '******', db = 'vaxijen_antigens')
cursor = conx.cursor()
cursor.execute('select * from sequence')
row = cursor.fetchall()
f = open('/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta', 'w')
for i in row:
f.write('>'+i[0].strip()+'\n')
s = re.sub(r'[^\w]','',str(i[1]))
s = ''.join(s)
for k in range(0, len(s), 60):
f.write('%s\n' % (s[k:k+60]))
f.write('\n')
f.close()
subprocess.call(['formatdb', '-p', 'T', '-i', r'/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta'])
该文件从命令行运行没有问题但是当我尝试使用crontab运行它时出现此错误:
File "/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py", line 29, in <module>
subprocess.call(['formatdb', '-p', 'T', '-i',
r'/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta'])
OSError: [Errno 2] No such file or directory
我不明白,该文件存在于该目录中,我进行了双重和三重检查。我尝试将文件路径转换为原始字符串,因此在路径之前使用小写“r”,但是也没有这样做。
答案 0 :(得分:5)
我怀疑它在你的子进程调用中抱怨“formatdb”的路径。尝试将其更改为完整路径:
subprocess.call(['/home/path/formatdb', ...])
答案 1 :(得分:3)
cron守护程序通常只提供非常有限的PATH。要么在crontab中放置更完整的PATH,要么在Python代码中使用完整的路径名。