Question

我有将3D numpy数组绘制成图像堆栈的函数：

def plotImages( 
    prefix, F, slices,
    extent=None, zs = None, figsize=default_figsize, 
    cmap=default_cmap, interpolation=default_interpolation, vmin=None, vmax=None, cbar=False, 
    ):
    for ii,i in enumerate(slices):
        print " plotting ", i
        plt.figure( figsize=figsize )
        plt.imshow( F[i], origin='image', interpolation=interpolation, cmap=cmap, extent=extent, vmin=vmin, vmax=vmax )
        if cbar:
            plt.colorbar();
        plt.xlabel(r' Tip_x $\AA$')
        plt.ylabel(r' Tip_y $\AA$')
        if zs is None:
            plt.title( r"iz = %i" %i  )
        else:
            plt.title( r"Tip_z = %2.2f $\AA$" %zs[i]  )
        plt.savefig( prefix+'_%3.3i.png' %i, bbox_inches='tight' )
        plt.close()

我在循环中调用这个函数用于~20个datagrids（3D numpy数组），每个数组有~50个切片=＆gt;它会生成~20 x ~50 = ~1000张图片。

但是在几百张图片之后，它与Segmentation fault (core dumped)崩溃了。这个问题非常难以跟踪，因为它是随机出现的，并且需要很长的运行时间（10分钟）才能崩溃。

我很确定问题出在matplotlib（或numpy？）中，因为它在这个循环的中间崩溃，只有matplotlib函数。

另外我认为它可能取决于内存使用情况（？）。我打开的程序越多，问题就越早出现。当我开始清理内存（在我的数据网格上调用plt.close()和delete F）时，问题也会减少（稍后出现）。我在想如果它与垃圾收集或类似的东西有关系？

你知道什么是可能的问题吗？
您建议采用什么策略来追踪它？

编辑：我制作了这个非常简单的人工示例，重现了崩溃

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

default_figsize = (3,3)

def plotImages( prefix, F, figsize=default_figsize ):
    slices = range( len( F ) )
    for ii,i in enumerate(slices):
        print " plotting ", i
        plt.figure( figsize=figsize )
        plt.imshow( F[i], origin='image' )
        plt.title( r"iz = %i" %i  )
        plt.savefig( prefix+'_%3.3i.png' %i, bbox_inches='tight' )
        plt.close()


nx = 500
ny = 500
nz = 100
ng = 100

for i in range( ng ):
    F = np.random.randn( nz,ny,nx )
    print "NEW GRID ", i , " : ", np.shape(F)
    plotImages( "", F )
    del F

在网格＃12切片＃54之后显示Segmentation fault (core dumped)这意味着在11x100 + 54 = 1154图像之后绘制

输出如下：

NEW GRID  12  :  (100, 500, 500)
 plotting  0
 plotting  1
 plotting  2
 .... # ommited lines here
 plotting  50
 plotting  51
 plotting  52
 plotting  53
 plotting  54
Segmentation fault (core dumped)

绘制大量图像时的Matplotlib分割错误

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