Question

我正在尝试用ggplot2绘制我的数据，但我的x轴数据应该进行日志转换。我尝试使用函数coord_trans因为我想保留原始标签并只是转换我的坐标，但是当我这样做时，我的所有点都会从我的图形中消失。我不知道为什么会这样？可能是因为我的数据中有零吗？我该如何解决这个问题？

这是我制作ggplot的输入：

    library(afex)
    library(car)
    library(MASS)
    library(rockchalk)
    library(multcomp)
    library(lsmeans)
    library(gplots)
    library(ggplot2)
    library(tidyr)
    library(effects)
    library(scales)
    library(ggthemes)
    library(gtools)

    theme_set(theme_few(base_size=14)) 

    p=ggplot(data, aes(x=day, y=(propinfected), linetype=treatment, group=treatment)

   p + geom_smooth(aes(fill=treatment),colour="black", method="glm",
   family="quasibinomial")+ 
   coord_trans(xtrans = "log10")+
   geom_point(aes(fill=treatment),size=5,pch=21)+
   labs(x="Day", y="Above detection treshold", size=10)+
   scale_y_continuous(labels= percent,breaks=seq(0,1,by=0.2),limits=c(0,1))+ 
   scale_x_continuous(breaks=seq(0,16,by=4),limits=c(0,16))+
   scale_fill_manual(values=c("black","grey"))+
   theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),
         legend.title=element_blank(),axis.text=element_text(size=20),
         axis.title=element_text(size=20),legend.text=element_text(size=15))

这是我使用的模型：

fitlog=glm(propinfected~log10(day+1)*treatment,family=quasibinomial(link=logit), data=data)

这是我使用的数据：

dput(data)

structure(list(treatment = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 
1L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("CTRL", "DWV"), class = "factor"), 
day = c(0L, 0L, 4L, 4L, 8L, 8L, 12L, 12L, 16L, 16L), infected = c(0L, 
20L, 11L, 20L, 15L, 18L, 16L, 19L, 19L, 19L), not_infected = c(20L, 
0L, 9L, 0L, 5L, 2L, 4L, 1L, 1L, 1L), propinfected = c(0, 
1, 0.55, 1, 0.75, 0.9, 0.8, 0.95, 0.95, 0.95)), .Names = c("treatment", 
"day", "infected", "not_infected", "propinfected"), row.names = c(NA, 
-10L), class = "data.frame")

当我使用allEffects函数绘制图形时，我得到正确的图形，具有正确的线条和置信带。但我想在ggplot中这样做，因为allEffects的情节并不那么漂亮。

plot(allEffects(fitlog),ylab="Above detection treshold",type="response")

感谢您的帮助！

Answer 1

如果您将formula中的geom_smooth定义为适合glm的模型的公式，则根本不需要coord_trans。在您的情况下，它将是y ~ log10(x + 1)。

ggplot(data, aes(x=day, y=propinfected, linetype=treatment, group=treatment)) + 
    geom_smooth(aes(fill=treatment), formula = y ~ log10(x + 1), 
                colour="black", method="glm",
                method.args = list(family="quasibinomial")) +
    geom_point(aes(fill=treatment),size=5,pch=21) +
    labs(x="Day", y="Above detection treshold", size=10) +
    scale_y_continuous(labels= percent,breaks=seq(0,1,by=0.2),limits=c(0,1)) +
    scale_x_continuous(breaks=seq(0,16,by=4),limits=c(0,16)) +
    scale_fill_manual(values=c("black","grey")) +
    theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),
          legend.title=element_blank(), axis.text=element_text(size=20),
          axis.title=element_text(size=20), legend.text=element_text(size=15))

要按照以前的方式执行此操作，您实际上需要使用适当的scale_x函数，然后使用coord_trans。我总是需要一段时间来思考这个问题，coord_trans帮助页面中的这句话总能帮助我：

改变音阶和音阶之间的区别转换坐标系就是那个尺度在统计和协调之前发生转换之后转型。

因此，如果要在拟合模型之前变换x变量，则需要使用 scale 进行变换。要以原始比例显示所有内容，您需要进行坐标转换。所以你最终会用两者来获得你想要的最终产品。

以下是使用scale_x_log10和coord_trans的简短示例：

ggplot(data, aes(x=day + 1, y=(propinfected), linetype=treatment, group=treatment)) + 
    geom_smooth(aes(fill=treatment), 
                colour="black", method="glm",
                method.args = list(family="quasibinomial")) +
    geom_point(aes(fill=treatment),size=5,pch=21) +
    labs(x="Day", y="Above detection treshold", size=10) +
    scale_y_continuous(labels= percent,breaks=seq(0,1,by=0.2),limits=c(0,1)) +
    scale_x_log10(labels = seq(0,16,by = 4), breaks=seq(1,17,by=4), limits=c(1,17)) +
    coord_trans(x = exp_trans(base = 10))

Answer 2

是的，这是因为您的数据从第0天开始，并且0的日志未定义。您可以通过在日期中添加一天然后调整标签以便显示原始日期来解决此问题。

# Here we add 1 to the day:
    p <- ggplot(data, aes(x=day+1, y=(propinfected), linetype=treatment, group=treatment))

      # and here we use breaks 1 to 17, but labels 0 to 16. 
      p + geom_smooth(aes(fill=treatment),colour="black", method="glm",
                     family="quasibinomial")+ 
       coord_trans(xtrans = "log10")+
       geom_point(aes(fill=treatment),size=5,pch=21)+
       labs(x="Day", y="Above detection treshold", size=10)+
       scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.2),limits=c(0,1))+ 
       scale_x_continuous(labels=seq(0,16,by=4),breaks=seq(1,17,by=4),limits=c(1,17))+
       scale_fill_manual(values=c("black","grey"))+
       theme(legend.justification=c(1,0), legend.position=c(1,0),
             legend.title=element_blank(),axis.text=element_text(size=20),
             axis.title=element_text(size=20),legend.text=element_text(size=15))

你的日期是对数级（虽然我不确定你为什么会这样）。

使用coord_trans函数可以使数据从图形中消失

2 个答案: