Question

我在R中工作，试图在ddply中使用colwise（function，is.numeric）命令，我无法让它适用于特定的分位数。我想要第25个分位数，但是当你在多个数字列上执行此功能时，我无法使其工作。

以下是我正在使用的示例：

d <- data.frame(groups=c(rep("A",4), rep("B",4), rep("C",4)),
        otu1 = runif(12, min=0, max=100),
        otu2 = runif(12, min=0, max=100),
        otu3 = runif(12, min=0, max=100)
        )

我可以使用其他摘要功能：

library(plyr)
medians<-ddply(data, c("groups"), colwise(median, is.numeric))

然而，分位数函数给了我所有5个选项，当我定义一个特定的分位数时，我无法弄清楚如何使用colwise与is.numeric：

highq<-ddply(data, c("groups"), colwise(quantile, is.numeric))  #works but does not give you a specific quantile
highq<-ddply(data, c("groups"), colwise(quantile(is.numeric, probs=0.75), is.numeric))  #does not work

我尝试了多次迭代，但都失败了。任何帮助表示赞赏！

Answer 1

我们可以试试data.table

library(data.table)
setDT(d)[,lapply(.SD, quantile, probs=0.75) , groups]

或使用dplyr

library(dplyr)
d %>%
  group_by(groups) %>% 
  summarise_each(funs(quantile(., probs=0.75)))

在R中的ddply中使用colwise，is.numeric进行分位数计算

1 个答案: