fasta文件标题行到列中

Question

我有一个包含序列标题及其相应序列的fasta文件，如下所示：

>ID101_hg19
ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19
AGCTTTAGCGGGGTACA

我想将标题行更改为序列旁边的另一个标签分隔列。这是所需的输出：

>ID101_hg19    ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19    AGCTTTAGCGGGGTACA

有关如何执行此任务的任何想法？

Answer 1

使用Sed，你可以这样做：

sed 'N;s/\n/\t/' file.txt

使用awk，您可以执行以下操作：

awk '{getline a; printf("%s\t%s", $0, a);}' file.txt

Answer 2

略微纠正SMA的答案......

awk'{getline a; printf（“％s \ t \ t％s \ n”，$ 0，a）;}'file.txt

添加换行符

Answer 3

通常，FASTA文件中的每个标题行后面都可以跟有多行数据，因此可能需要处理这种情况。如果目标是将所有连续数据行串在一起，那么以下内容将完成这项工作：

awk '/^>/ {if (prev) {print prev;}; prev=$0 "\t"; next}
     {prev=prev $0;} 
     END {print prev}'

另一方面，如果标题只附加到一行数据上，那么假设$＆＃39; ...＆＃39;语法可用，要使用的sed命令是：

sed $'/^>/ {N;s/\\n/\t/;}'