运行calcRMSD.py以从pymol

Question

我是蟒蛇的总菜鸟;我有化学背景和iam做我的计算化学硕士。我尽可能快地学习计算机科学。我目前不知道如何解决这个错误。我用Google搜索了问题，但答案实际上并不满足。如果你们给我一些关于如何解决这个错误的提示，我将非常感激。谢谢， Thanh Le

为了使程序正常工作，它使用包含以下内容的文件中的代码：

从RunRMSD导入RunRMSD RunRMSD（）

来自SumRMSD的

导入SumRMSD SumRMSD（）

然后它使用包含以下内容的文件（RunRMSD）中的代码：

运行calcRMSD.py以从pymol

获取原始输出

def RunRMSD（）：

# get output directory from a threefiles.txt
with open('./threefiles.txt') as fi:
    fline = fi.readline()
    flist = fline.split('\t')
    path_output = flist[1]

import os
command = '/opt/local/bin/pymol -cqr '+'./CalcRMSD.py > '/Users/thanhle/Desktop/output/'RMSD.out'
os.system(command)

不确定我的路径是否正确。

thanhs-MacBook-Pro-2:untitled folder thanhle$ python Director_RMSD.py
Traceback (most recent call last):
  File "Director_RMSD.py", line 5, in <module>
    RunRMSD()
  File "/Users/thanhle/Desktop/ftdock-2-dev2/untitled folder/RunRMSD.py", line 11, in RunRMSD
    command = '/opt/local/bin/pymol -cqr '+'./CalcRMSD.py > '/Users/thanhle/Desktop/output/'RMSD.out'
NameError: global name 'Users' is not defined

Answer 1

“command”变量写得不好：

command = '/opt/local/bin/pymol -cqr '+'./CalcRMSD.py > '/Users/thanhle/Desktop/output/'RMSD.out'

引发错误，因为路径/Users/thanhle/Desktop/output/未连接，而且您缺少撇号。如果您不想将任何变量解析为该命令，则应该写入：

command = '/opt/local/bin/pymol -cqr ./CalcRMSD.py > /Users/thanhle/Desktop/output/RMSD.out'

在这种情况下，我不太确定如何定义用户

运行calcRMSD.py以从pymol

1 个答案: