估计有向图的聚类

Question

为了估算our network中的聚类，我们使用聚类系数和(Kolaczyk, Csardi, 2014, p. 82)中提出的计算函数。该系数被定义为顶点特定聚类系数在所有顶点v上的平均值，其中A是邻接矩阵，并且d ^ {tot} _v是顶点的总度（即，度数加上出度）诉

但是应用上面的eq。 （5.4）我们的网络给出了错误的结果（NaN）。聚类系数的计算使用以下函数

完成

clust.coef.dir <- function(graph) {
A <- as.matrix(get.adjacency(graph))
S <- A + t(A)
deg <- degree(graph, mode=c("total"))
num <- diag(S %*% S %*% S)
denom <- diag(A %*% A)
denom <- 2 * (deg * (deg - 1) - 2 * denom)
# denominator equals 0 for vertex A10
cl <- mean(num / denom)
return(cl)
}

这个错误结果的原因是顶点A10。 因此，总度d ^ {tot} _ {A10} = 2 对于顶点A10，deg *（deg - 1）= 2 * denom然后denom = 0。

如何改善这种情况呢？ 非常感谢。