Question

我正在尝试使用BioPython来运行PAML并运行这些代码：

from Bio.Phylo.PAML import codeml
cml = codeml.Codeml(alignment = "lysin.phy", tree = "lysin.trees", out_file = "results.out")
cml.read_ctl_file("codeml.ctl")
results=cml.run()

但是，cml.run（）将进入休眠状态并且永远不会完成。当我取消它时，消息返回是：

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/biopython-1.66-py3.5-linux-x86_64.egg/Bio/Phylo/PAML/codeml.py", line 186, in run
Paml.run(self, ctl_file, verbose, command)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/biopython-1.66-py3.5-linux-x86_64.egg/Bio/Phylo/PAML/_paml.py", line 145, in run
stdout=subprocess.PIPE)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 562, in call
return p.wait(timeout=timeout)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 1651, in wait
(pid, sts) = self._try_wait(0)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 1601, in _try_wait
(pid, sts) = os.waitpid(self.pid, wait_flags)
KeyboardInterrupt

任何人都可以帮我弄清楚错误在哪里。我使用的对齐文件和树文件位于PAML示例文件夹中。

Answer 1

我有同样的问题，以下调整工作。我不知道为什么，也没有时间弄清楚，但如果有人可以解释，我会很高兴。基本上，顺序很重要，否则参数设置为null [您可以通过cml.print_options（）进行验证。

cml = codeml.Codeml()
cml.read_ctl_file("ctl_file_path")
cml.tree = "full_tree_path"
cml.alignment = "full_alignment_path"
cml.out_file = "full_out_path"
cml.working_dir = "full_dir_path"

cml.run()

在以下情况下无效：

在设置其他选项后读取了ctl文件
使用构造函数codeml.Codeml（）
未设置working_dir（尽管提供了所有文件的完整路径）

我也是通过conda运行python。

来自BioPython的codeml永远不会完成

1 个答案: