如何将图像上传到RStudio Notebook?

时间:2015-12-17 22:45:49

标签: r image rstudio r-markdown

有谁知道如何将png图像从(工作)目录导入/上传到RStudio Notebook脚本?我喜欢将它包含在Notebook的HTML输出中。 Rmarkdown中建议的脚本(http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html)在Notebook中不起作用。

以下是我使用/创建的一些代码:

#' Plot pathways using the bioconductor *pathview* package. Five *.png images are placed in the working directory by default.
>p <- pathview(gene.data=foldchanges, pathway.id=keggresids, species="hsa"))
>str(p)

&#c; str(p)&#39;的日志是一个列表5(每个路径一个),每个包含一个data.frame plot.data.gene,包含10个变量和一个plot.data.cpd:NULL

可以使用路径视图插图(https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf)的第3-6页上的示例。

由于图像打印到工作目录,因此它不会显示在我的Notebook HTML中。有没有办法将图像导回到文档中,以便将其呈现到HTML文档中?我不是在降价文档中工作,而是在常规的R脚本中通过选择上面的Notebook图标(或ctrl + shift + K)编译成HTML Notebook,因此以下降价脚本无法工作:< / p>

![imagename](/images/file.png)

有什么建议吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这是一个很老的问题,但是我有一个可行的解决方案,并且在寻找我的解决方案时发现了这个问题。

要添加网站上的图片(直接从Adam Pritchard的Markdown备忘单上获取):

![alt text](https://github.com/adam-p/markdown-here/raw/master/src/common/images/icon48.png "Logo Title Text 1")

或者要从本地驱动器添加图像,请使用以下命令(在Mac OSX上可用):

![Fancy image description](/Users/path/to/you/file.png)