我正在尝试在R中拟合联合回归模型。参见:Digby 1979,对不完全变种x环境数据的修正联合回归分析。 J. agric Sci,93,81-86。
对于在环境集合env_j中测量一组植物基因型gen_i的产量的实验,联合回归模型是:
yield_ij = env_j +(gen_i):( beta_j)+ eps_ij
似乎'gnm'软件包可以适合这样的模型,但我无法正确使用语法。这是我的尝试。
library(agridat)
data(digby.jointregression)
dat <- digby.jointregression
require(gnm)
m3 <- gnm(yield ~ gen + Mult(gen,env), data=dat)
coef(m3)
根据Digby的论文,基因型的“敏感性”是 0.953,0.739,1.082,1.025,...... 0.947 据推测,这些应该可以作为模型系数获得。
答案 0 :(得分:0)
现在看来可以正常工作。
library(agridat)
data(digby.jointregression)
dat <- digby.jointregression
require(gnm)
m3 <- gnm(yield ~ gen + Mult(gen,env), data=dat)
# In the line below, "-" is just an arbitrary change of sign
# -1.271+.953 is a constant correction to match Digby.
# Results are not exact, but similar to Digby.
as.matrix( -round(coef(m3)[11:20],3)-1.271+.953 )
Mult(., env).genG01 0.953
Mult(., env).genG02 0.668
Mult(., env).genG03 1.125
Mult(., env).genG04 1.048
Mult(., env).genG05 1.205
Mult(., env).genG06 0.852
Mult(., env).genG07 1.134
Mult(., env).genG08 0.901
Mult(., env).genG09 1.278
Mult(., env).genG10 0.946