在R中绘制复杂的热图

Question

我试图使用层次聚类分析来绘制使用热图2和树状图。但是我需要为每个树形图编写两种不同的方法。对于y轴，我需要编写Ward的方法，距离二进制。而我的X轴，沃德方法距离平方欧几里德。

有没有人知道如何为此编写代码？

Answer 1

您可以手动指定这样的树形图：

library(gplots)
d1 <- as.dendrogram(hclust(dist(mtcars, method = "euclidean"), method = "ward.D"))
d2 <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mtcars), method = "euclidean"), method = "ward.D2"))
heatmap.2(as.matrix(mtcars), Rowv=d1, Colv=d2)

有关距离测量和聚类方法的更多选项，另请参阅?dist和?hclust。