我正在使用pysam来对.bam文件进行数据挖掘。我想检查一个read是否有映射的配合。命令
mate = samfile.mate(read1)
会抛出错误，所以如果我这样做
if samfile.mate(read1): ...
也会引发错误。还有其他任何方法来检查读取是否有映射配合？
感谢。
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AlignedSegment.mate_is_unmapped应该适合你。见docs for pysam
if not read1.mate_is_unmapped:
mate = samfile.mate(read1)
...
或者，您可以捕获异常并继续前进，但依赖于正常程序流的异常处理并不理想。