Question

我正在使用带有TORQUE / MOAB / RHEL 6.7的HPC。 PBS作业中的相关行是

#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=12gb
module load r_3.2.0 
module load icc_14.0.3-ompi_1.8.3
mpirun -np 1\
  --mca mtl mx --mca pml cm --bind-to core --map-by core\
  Rscript >>dice.txt 2>&1 diceEstimate4i_parallel.R

在我的R计划中，我有：

library(Rmpi)
library(snow)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size())

我可以看到MPI Universe的大小是正确的（本例中为8），但程序失败并显示错误消息＆＃34;没有足够的可用插槽。＆＃34;但是，如果我要求少一个工人，它就能很好地运作：

cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size() - 1)

但是现在我只有7名工作人员（我已经测试过了），所以其中一个处理器内核没有投入任何高效工作......

R CMD config CC

只给我mpicc，我在配置的其余部分找不到任何相关内容。

任何想法如何使用所有已分配的cpu？我是mpirun的初学者，所有这些...我在不同的服务器w / o调度程序上工作。我也能够使用pbdMPI包使用所有已分配的cpus。

Answer 1

所以，＆＃34;官方＆＃34;回答。现在我已多次测试代码并且它可以工作：

在没有 mpirun 的作业中调用R.
检测群集大小并创建MPICluster。

作业可能看起来像这样：

module load r_3.2.0 
module load icc_14.0.3-ompi_1.8.3
Rscript program.R

和R代码创建集群：

nodefile <- Sys.getenv("PBS_NODEFILE")
nodes <- readLines(nodefile)
cl <- makeMPIcluster(length(nodes), includemaster=TRUE)

TORQUE下的makeMPIcluster：没有足够的可用插槽

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