Question

我正在尝试制作一些 Networkx Graphviz 图表。

运行后：pos = nx.graphviz_layout(G, prog = 'sfdp')。发生错误，说：

Error: remove_overlap: Graphviz not built with triangulation library

经过一些 Google 研究后，我发现GTS就是问题所在。 Bug report声明：

Graphviz包是构建的--with-gts。这对于sfdp来说是坏消息，它抱怨“错误：remove_overlap：Graphviz不是用三角测量库构建的”并且无法生成它在编译时创建的漂亮输出--with-gts

查看评论（关于错误报告），有人说 Graphviz 的上游源保存在link，但我找不到要下载的新版本。

在包list上，我有最新的一个（可信赖的2.36）。

其他人遇到sfdp问题？

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我知道这个问题适用于Ubuntu，但如果有人在使用 homebrew 的 macOS 上遇到同样的问题，以下内容对我有用：

brew reinstall graphviz --with-gts

Answer 2

对于ubuntu用户，这就是我让grapvhiz在16.04上工作的方法，从源代码编译graphviz-2.40.1：

首先，需要安装GTS，因为graphviz会查找gts.pc file。

运行

apt-file search gts.pc

通知我，我必须安装＆＃39; libgts-dev＆＃39; ：

sudo apt install libgts-dev

接下来让pkg-config知道这些文件：

pkg-config --libs gts

pkg-config --cflags gts

在gts库中运行configure to link：

./configure --with-gts  --prefix ~
make
make install

SFDP不再引发错误＆＃39;错误：remove_overlap：Graphviz未使用三角测量库构建＆＃39;

我从this回答修改的pkg配置的命令行代码。

Answer 3

我可能让它适用于Ubuntu 14.04，YMMV

直接从https://packages.debian.org/search?keywords=graphviz

下载以下graphviz包

graphviz_2.38.0-13_amd64.deb
libcgraph6_2.38.0-13_amd64.deb
libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb
libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb
libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb
蟒-pygraphviz_1.3.1-1_amd64.deb

我使用了stretch（测试）组中的2.38.0-13版本。如果存在，您将需要删除32位libltdl：

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

int main(void)
{
    FILE *fp;
    fp = fopen("data.txt", "r");
    char rida[20][120], str[100];
    int i = 0, j = 0;

    while (fscanf(fp, "%s", str) != EOF)
    {
        strcpy(rida[i], str);
        i++;
    }
    size_t n;
    for (n = 0; n < 5; n++) {
        printf("%s\n", rida[n]);
    }
    fclose(fp);
}

直接使用

安装软件包

sudo apt-get remove libltdl7:i386

您可以预期依赖项错误。我用它们清除了它们：

sudo dpkg -i graphviz_2.38.0-13_amd64.deb    
sudo dpkg -i libcgraph6_2.38.0-13_amd64.deb libgvc6_2.38.0-13_amd64.deb libgvpr2_2.38.0-13_amd64.deb libltdl7_2.4.6-0.1_amd64.deb

然后重新安装

sudo apt-get install -f

错误不再出现虽然我很难说这些图表更好。

Ubuntu graphviz'sfdp'无效

3 个答案: