Question

我知道这个问题的标题是this Question和this Question的副本，但那里的解决方案对我不起作用，并且错误消息（略有）不同：

Error in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  : 
polygon edge not found

（注意缺少字体的缺失部分）

我尝试了我找到的所有建议（更新/重新安装所有已加载的图形包，ggplot2，GGally和scale，通过以安全模式启动，将字体从/字体/（已禁用）移回到Mac OSX中重新初始化字体/字体......）但没有一个解决了问题。

当我使用

绘制ggplot图时，似乎出现错误

scale_y_continuous(label=scientific_10)

其中scientific_10定义为

scientific_10 <- function(x) {
parse(text = gsub("e", " %*% 10^", scientific_format()(x)))
}

因此，我怀疑scales库与它有关。

最令人费解的是，错误只发生在每次这么多次，也许每次第3次或第5次我试图绘制相同的图...

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] gridExtra_2.0.0 scales_0.3.0    broom_0.4.0     tidyr_0.3.1             ggplot2_1.0.1   GGally_0.5.0    dplyr_0.4.3    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.11.5      magrittr_1.5     MASS_7.3-43      mnormt_1.5-1         munsell_0.4.2    colorspace_1.2-6 lattice_0.20-33  R6_2.0.1        
 [9] stringr_0.6.2    plyr_1.8.1       tools_3.2.2      parallel_3.2.2       grid_3.2.2       gtable_0.1.2     nlme_3.1-121     psych_1.5.8     
[17] DBI_0.3.1        htmltools_0.2.6  lazyeval_0.1.10  yaml_2.1.13      assertthat_0.1   digest_0.6.8     reshape2_1.4.1   rmarkdown_0.8.1 
[25] labeling_0.3     reshape_0.8.5    proto_0.3-10    

traceback()
35: grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, 
    resolveHJust(x$just, x$hjust), resolveVJust(x$just, x$vjust), 
    x$rot, 0)
34: widthDetails.text(x)
33: widthDetails(x)
32: (function (x) 
{
    widthDetails(x)
})(list(label = expression(5 %*% 10^+5, 7.5 %*% 10^+5, 1 %*% 
    10^+6, 1.25 %*% 10^+6, 1.5 %*% 10^+6), x = 1, y =   c(0.0777214770341215, 
0.291044141334423, 0.504366805634725, 0.717689469935027, 0.931012134235329
), just = "centre", hjust = 1, vjust = 0.5, rot = 0, check.overlap = FALSE, 
    name = "axis.text.y.text.8056", gp = list(fontsize = 9.6, 
        col = "black", fontfamily = "", lineheight = 0.9, font = 1L), 
    vp = NULL))
31: grid.Call.graphics(L_setviewport, vp, TRUE)
30: push.vp.viewport(X[[i]], ...)

Answer 1

我通过安装库extrafont解决了这个问题，安装了一组特定字体并强制ggplot只使用这些字体：

    require(extrafont)
    # need only do this once!
    font_import(pattern="[A/a]rial", prompt=FALSE)
    require(ggplot2)
    # extending the help file example
    df <- data.frame(gp = factor(rep(letters[1:3], each = 10)), y = rnorm(30))
    ds <- plyr::ddply(df, "gp", plyr::summarise, mean = mean(y), sd = sd(y))
    plotobj <- ggplot(df, aes(gp, y)) +
      geom_point() +
      geom_point(data = ds, aes(y = mean), colour = 'red', size = 3) + 
      theme(text=element_text(size=16, family="Arial"))
    print(plotobj)

Answer 2

针对此特定错误的许多解决方案都会引导您查看计算机，但此错误也可能由脚本错误引起，其中R期望匹配来自两个数据结构的元素但不能。 / strong>

对我来说，错误是由调用一个相当复杂的图形函数（见下文）引起的，该函数读取有序字符向量以及一个矩阵，其行名称应该与有序字符向量中的值匹配。问题是我的一些值包含破折号，而R的read.table()函数将破折号转换为句点（例如：“HLA-DOA”变为“HLA.DOA”）。

我正在使用ComplexHeatmap软件包进行如下调用：

oncoPrint(mat, get_type = function(x) strsplit(x, ";")[[1]], alter_fun_list = alter_fun_list, col = col, row_order = my_order, column_title = "OncoPrint", heatmap_legend_param = list(title = "Alternations", at = c("AMP", "HOMDEL", "MUT"), labels = c("Amplification", "Deep deletion", "Mutation")) )

在此电话会议中：

mat是一个矩阵，其中的短划线被换掉了

my_order是一个字符向量，包含与mat的行名相同的值，但短划线仍然存在

所有其他论点对于电话来说都是必不可少的，但与此帖无关。

为了帮助R找到这个难以捉摸的“多边形边缘”，我只是编辑了我的角色向量：

row_order <- gsub("\\.", "-", row_order)

如果您尝试重新安装软件包，重新启动计算机并重新启用字体 - 可能会检查并确定您的电话中是否存在某些错误的字符匹配。

Answer 3

我试图设置aes的字体，返回错误信息

添加的词语：

p＆lt; - p + theme（text = element_text（family =“宋体”））

当我尝试删除设置时，那就没关系。

Answer 4

实际上，我在我的MAC上遇到了同样的问题并且无法在常规基础上解决它...因为它也像每次执行第5或第10次一样，我决定将整个ggplot命令包装成一个trycatch调用并执行它，直到它没有失败...

代码看起来像这样

error_appeared <- FALSE
  repeat{
    tryCatch({ # we put everything into a try catch block, because sometimes we get an error
      gscat <- 
        ggplot() # my ggplot command which sometimes fail

      ggsave('file.pdf', gscat, width=8,height=8)
      plot(gscat)
    },
    error=function(e) {
      print('redo the ratioscatterplot.')
      error_appeared <- TRUE
    }
    )
    if(!error_appeared){
      break
    }
  }

实际上我想通了，只有图的绘图/绘图给出了问题！保存总是有效。

也许这对某人有帮助，因为我找不到真正解决问题的解决方案！

其他
如果有人想在“可重现的例子”中使用该问题，则下面的代码会在循环中平均抛出20个错误。

library(scales) library(ggplot2) df <- data.frame( log2.Ratio.H.L.normalized.rev = c(2.53861265542646, 0.402176424979483, 0.438931541934545, 0.639695233399582, 0.230203013366421, 2.88223218956399, 1.23051046036618, 2.56554843533357, 0.265436896049098, 1.32866415755805, -0.92108963514092, 0.0976107966264223, -0.43048946484291, -0.558665259531966, 4.13183638727079, 0.904580434921318, -0.0733780789564803, -0.621932351219966, 1.48594198341242, -0.365611185917855, 1.21088754922081, -2.3717583289898, 2.95160644380282, 3.71446534016249), Intensity = c(5951600000, 2.4433e+10, 1.1659e+10, 2273600000, 6.852e+10, 9.8746e+10, 5701600000, 1758500000, 987180000, 3.4167e+11, 1.5718e+10, 6.8888e+10, 5.5936e+10, 8702900000, 1093500000, 4426200000, 1.3681e+11, 7.773e+09, 5860400000, 1.2861e+12, 2017900000, 2061300000, 240520000, 1382700000), my_label = c("RPL18", "hCG_2024613", "NOL7", "PRPF4B", "HIST1H2BC", "XRCC1", "C9orf30", "CABIN1", "MGC3731", "XRCC6", "RPL23", "RPL27", "RPL17", "RPL32", "XPC", "RPL15", "GNL3", "RPL29", "JOSD3", "PARP1", "DNAPTP6", "ORC2L", "NCL", "TARDBP")) unlink("figures", recursive=TRUE) if(!dir.exists('figures')) dir.create('figures') for(i in 1:20) { error_appeared <- FALSE repeat{ tryCatch({ # we put everything into a try catch block, because sometimes we get an error gscat <- ggplot(df, aes_string("log2.Ratio.H.L.normalized.rev", 'Intensity')) + geom_point(data=df[abs(df[["log2.Ratio.H.L.normalized.rev"]]) < 1,], color='black', alpha=.3, na.rm=TRUE) + scale_y_log10(labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format())) ggsave(file.path('figures', paste0('intensity_scatter_', i, '.pdf')), gscat, width=8, height=8) plot(gscat) }, error=function(e) { # print(e) print(sprintf('%s redo the ratioscatterplot.', i)) error_appeared <- TRUE } ) if(!error_appeared){ break } } }

Answer 5

我在尝试将ggplot / grid输出绘制到Rstudio中的图形窗口时遇到了同样的问题。但是，绘制到外部图形设备似乎工作正常。

选择的外部设备取决于您的系统，但下面的脚本（this blog转述）适用于大多数系统：

a = switch(tolower(Sys.info()["sysname"]),
               "darwin"  = "quartz",
               "linux"   = "x11",
               "windows" = "windows")
options("device" = a)
graphics.off()
rm(a)

并切换回使用Rstudio绘图窗口：

options("device"="RStudioGD")
graphics.off()

请注意，通过切换，您将丢失所有现有图表。

grid.Call出错（L_textBounds，as.graphicsAnnot（x $ label），x $ x，x $ y，：找不到多边形边缘（新）

5 个答案: