Question

我尝试使用之前的问题/答案来解决这个问题，但没有任何成功。所以，这是我的问题。

我正在使用RStudio和Ubuntu框（14.04），我尝试从源代码升级rJava，在此过程中我设法丢失了它。

我尝试使用

重新安装它

install.packages("rJava")

返回以下错误消息

configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.

If you don't have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/darren/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

所以，我去了终端并打字，

sudo R CMD javareconf

也出现以下错误，

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>
                 ^
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/default-java
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我尝试按照这些链接one和two，但似乎没有解决我的问题; SO上有更多的链接，但我不确定要遵循哪一个。我也通过Ubuntu软件中心卸载并重新安装了RStudio，但这没有任何区别。

其他人可以帮忙吗？

简而言之，我希望能够再次使用RSJudio和rJava，而不会破坏Java的任何其他用途（例如jmol）。

Answer 1

sudo apt-get install r-cran-rjava有什么问题？

请参阅for example this earlier answer及其周围的问题/主题。

对于从头开始的安装，您仍然比从sudo apt-get build-dep r-cran-rjava开始更糟糕。它将为您提供与您的Ubuntu版本相对应的JDK。

Answer 2

首先我建议从其网站安装Rstudio：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/（即Rstudio 64bit：https://download1.rstudio.org/rstudio-0.99.489-amd64.deb）。这并没有直接解决问题，但它有助于避免Rstudio的其他错误。

关于错误，尝试确保安装了JDK。我不认为命令java -version可以判断JDK是否已安装。您必须检查JDK本身的包，或者根据错误消息，执行以下操作：

locate jni.h 输出应与您的JAVAHOME匹配或兼容，例如：

/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/include/jni.h 
/usr/lib/jvm/java-7-oracle/include/jni.h

更新1： R CMD javareconf正在寻找jni.h下的$(JAVA_HOME)/include文件您已经安装了JDK，但是您很可能将默认java用于JRE目录，这就是错误发生的原因。

通过执行此命令，您可以看到default-java真正指向的位置：

jRealDir=$(readlink -f /usr/lib/jvm/default-java)
echo $jRealDir
# sample correct output: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65 
# or /usr/lib/jvm/java-8-oracle if you default to Oracle's
# now check jni.h
ls -l $jRealDir/include/jni.h
# sample expected output:
# /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65/include/jni.h

如果ls命令失败，则必须进行设置，以便javareconf（以及后来的rJava）可以使用JDK中的Java而不是JRE。您有两种选择：

方法1：在系统范围内进行

这很方便，但可能影响其他程序，例如您提到的jmol。但不要担心，这是可以恢复的，只需重新运行命令并选择旧命令即可。执行以下命令并选择具有JDK的目录：

sudo update-alternatives --config java

在测试之后jmol如何工作，如果它正常工作，那么祝贺。您现在可以测试rJava了。如果没有，请尝试下面的第二种方法

方法2：仅针对R

执行此操作

将其放在您主目录下的.Rprofile

Sys.setenv(JAVA_HOME = '/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65')
# this set JAVA_HOME for R to correct java home dir.

在Rstudio中更新或创建.Rprofile DO重启R后。在这种情况下，R CMD javareconf可能仍会失败，但如果您从Rstudio的Shell菜单下的Tools运行它，则应该没问题。

关于Ubuntu股票回购的安装或Rstudio。让rJava运行没有任何区别。然后，我建议为其主页安装Rstudio，因为新版本也有一些不错的功能（即更好的自动完成，我最喜欢）。

Answer 3

以下是对我有用的R-Blogger上的链接：https://www.r-bloggers.com/installing-rjava-on-ubuntu/

sudo apt-get install -y default-jre
sudo apt-get install -y default-jdk
sudo R CMD javareconf
install.packages("rJava")

Answer 4

我一直在处理这个确切的问题，这个线程或类似的其他内容都没有解决它。我正在使用Ubuntu 16.04，这是我如何使用它：

apt-get install openjdk-9-jdk rm -rf /usr/lib/jvm/default-java ln -s /usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/ /usr/lib/jvm/default-java

Answer 5

您可以在错误消息中看到JAVA_HOME的位置。

然后使用locate jni.h查找jni.h的位置，然后使用软链接将此位置链接到$(JAVA_HOME)/include，就像@biocyberman提到的那样。

这就是我所做的：

ln -s /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/jni.h /opt/conda/include/jni.h
ln -s /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/linux/jni_md.h /opt/conda/include/jni_md.h
ln -s /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/

由于我的JAVA_HOME为/opt/conda而且我还没有jni_md.h和-ljvm。

我使用的是Ubuntu 16.04。

安装rJava

5 个答案: