使用字符串

Question

我正在使用带有Python的NetworkX库。

我希望能够通过仅使用作为节点名称（字符串）一部分的int ID来引用节点，以实现各种目的，例如获取两个节点之间的最短路径。

MWE：

让我们说我导入一个Pajek格式的文件：

import networkx as nx
G=nx.read_pajek("pajek_network_file.net")
G=nx.Graph(G)

我文件的内容是（在Pajek中，节点被称为＆＃34;顶点＆＃34;）：

*Network
*Vertices 6
123 Author1
456 Author2
789 Author3
111 Author4
222 Author5
333 Author6
*Edges 
123 333
333 789
789 222

我应该使用哪个命令，打印节点Author4只使用其id为111？

到目前为止，我已经尝试过G.node [nodeid]的格式，例如：

print G.node[111]

但是这会返回错误，因为它试图搜索节点LABEL = 111，这当然不存在。

作为一个后续问题，理想情况下，我不仅要按ID打印节点，还要将其用于函数，例如

nx.shortest_path_length(G,source_nodeid,target_nodeid)

我目前正在做的工作是创建一个.net网络文件，其中节点ID列重复两次，以便使用相同的ID号作为＆＃34;节点标签＆＃34;太

我确定答案必须非常简单，但到目前为止它已经逃过了我，即使经过Google搜索并浏览文档...... 任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我相信您正在寻找nx.relabel_nodes函数，该函数使用字典将旧标签映射到新标签。我使用您提供的顶点名称来构建图形。然后创建了一个字典，将旧标签（完整字符串）映射到新标签（分割后的字符串第一个元素的整数转换）。最后，我使用了relabel_nodes函数来进行重新标记。

以下是我用它来解决问题的方法：

G = nx.Graph()
vertices = ['123 Author1','456 Author2','789 Author3','111 Author4','222 Author5','333 Author6']
for v in vertices:
    G.add_node(v)
# Maps old labels to new labels
new_labels = dict( (i , int(i.split()[0]) ) for i in G.nodes() )
print new_labels
# Relabel nodes
nx.relabel_nodes(G,new_labels,False)  
# To access node with integer 123 for instance
print G[123]
# Draw the network with all labels
nx.draw_networkx(G, with_labels=True, node_size = 500)
plt.show()

如果您想使用旧标签进行绘图，那么您可以使用另一个字典，它与new_lables相反，只是将新标签映射到旧标签。您可以这样做：

# This can be used if you want to keep the old labels for drawing purpose for instance
old_labels = dict ( (y,x) for x,y in new_labels.iteritems() )
nx.draw_networkx(G, labels = old_labels, with_labels=True, node_size = 500)
plt.show()

Answer 2

networkx将图形的节点和边缘保持在以节点为关键字的字典结构中，并且其数据是关联的字典结构。显然，当您阅读给出示例文件的pajek文件格式时，字典是这样的：

>>> G = nx.read_pajek("test.pj")
>>> pprint(G.node)
{u'Author1': {'id': u'123'},
 u'Author2': {'id': u'456'},
 u'Author3': {'id': u'789'},
 u'Author4': {'id': u'111'},
 u'Author5': {'id': u'222'},
 u'Author6': {'id': u'333'}}

这意味着节点u'Author1'与数据{'id': u'123'}

相关联

现在，我不知道Pajek文件格式哪个字段应该是实际节点（也许它在networkx中没有正确实现？），但是如果你反转你的名字和ID文件你得到你想要的：

*Network
*Vertices 6
    Author1 123
    Author2 456
    Author3 789
    Author4 111
    Author5 222
    Author6 333
*Edges 
    123 333
    333 789
    789 222

和

>>> G = nx.read_pajek("test.pj")
>>> pprint(G.node)
{u'111': {'id': u'Author4'},
 u'123': {'id': u'Author1'},
 u'222': {'id': u'Author5'},
 u'333': {'id': u'Author6'},
 u'456': {'id': u'Author2'},
 u'789': {'id': u'Author3'}}
>>> G.node['111']
{'id': u'Author4'}

此外，节点id是一个字符串，而不是整数。如果需要整数，则可能需要重新标记节点。