heatmap.2颜色真的很不稳定

Question

有谁知道为什么我的heatmap.2结果有奇怪的颜色 - 绿松石不属于我的红色/黑色/绿色调色板？绿松石似乎是指基于样本聚类的信息（行“树状图”，我“假”出来），而不是基于特征聚类。怎么了？

我正在使用gplots，RBrewerColor和heatmap.2（）方法。

代码：

temp <- t(iris[,1:4])
sampleLabels.c <- as.character(iris[,5])
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="setosa"] <- "red"
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="versicolor"] <- "orange"
sampleLabels.c[sampleLabels.c=="virginica"] <- "green"

# Sort on max difference
t.min <-apply(temp, 1, min)
t.max <- apply(temp, 1, max)
temp <- temp[order(t.max-t.min, decreasing=TRUE),]
# cluster on correlation
hc <- hclust(as.dist(1 - cor(temp)), method="average")
png("iris.png", 1000, 1000)
par(mar=c(1,1,1,1))
heatmap.2(as.matrix(temp),
      Rowv=FALSE,
      Colv=as.dendrogram(hc),
      dendrogram="column",
      col=greenred(10),
      labRow="", labCol="", key=TRUE,
      ColSideColors=sampleLabels.c)
legend("left",
   legend=c("Setosa", "Versicolor", "Virginica"),
   col=c("red", "orange", "green"),
   lty=1, lwd=2)
dev.off()

以下是从代码生成的图像（上图）。

感谢您的任何见解！

Answer 1

搜索＆＃34;青色＆＃34;在?heatmap.2中给出：

  

迹= C（＆＃34;柱＆＃34;＆＃34;排＆＃34;＆＃34;既＆＃34;＆＃34;无＆＃34），                   tracecol =＆＃34;青色＆＃34; ...   ...

     

trace：字符串，表示是否为实体＆＃34;跟踪＆＃34;线             应该划分“排”或“排”列，＆＃39;两者都是＆＃39;要么             ＆＃39;无＆＃39 ;.线与每个线的中心距离             色单元与测量的大小成比例。             默认为＆＃39;列＆＃39;。

尝试设置trace="none" ...？