所以我用ggplot创建了一个很棒的facet_wrap图,但是我无法阅读它!
您可能会在x轴上看到微小的书写(它在那里),但需要更加清晰。
所以我想知道可能会将facet_wrap传播到多个页面上,但我不认为可以根据google / here中的答案使用facet_wrap来完成。
另一种解决方案可能是包裹长x轴标签,这样它们就不会对刻面包裹图进行太多的间隔,但这看起来也是不可能的。
有没有人有任何想法。如果需要,我很乐意放弃facet_wrap。
以下是我目前使用的代码
ggplot(df.l, aes(sample, hgnc_symbol)) + geom_tile(aes(fill = value)) +
scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") + facet_wrap(~chr,scales="free",nrow = 4)+
theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())+
theme(axis.text.x = element_text(size = 1))+
theme(axis.text.y = element_text(size = 0.5))+
theme(axis.title.x = element_blank())
我不能像过多的数据一样输入数据但是这里的结构。
'data.frame': 8550 obs. of 10 variables:
$ chr : num 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ binnum : num 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
$ leftPos : num 4864877 14283067 21786817 33465769 45300540 ...
$ hgnc_symbol : chr "MIR4417,MIR4689,NPHP4" "FHAD1,TMEM51-AS1,KAZN,TBCAP2,TMEM51,C1orf195" "MIR4418,RNU6-1022P,RNU6-776P,MIR4684,RN7SL386P,RN7SL186P,CELA3B,CDC42-IT1,CDC42,CELA3A,EPHB2,ZBTB40,ZBTB40-IT1,LDLRAD2,HSPG2,EP"| __truncated__ "RNA5SP42,TLR12P,C1orf94,HMGB4,HSPD1P14,ZSCAN20,CSMD2,CSMD2-AS1" ...
$ Stop : num 5864876 15283067 22786817 34465769 46300539 ...
$ MergeCol : chr "1:4864876:5864876" "1:14283067:15283067" "1:21786817:22786817" "1:33465769:34465769" ...
$ chromosome_name: int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ sample : chr "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" ...
$ value : num 101.6 53.7 144.7 84 101.6 ...
$ id : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
- attr(*, "reshapeLong")=List of 4
..$ varying:List of 1
.. ..$ value: chr "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" "ZSTumour12_OCCAMS_ED_008_SLX.9396.FastSeqJ.fq.gz" "ZSTumour13_OCCAMS_AH_086_SLX.9396.FastSeqK.fq.gz" "ZSTumour2_OCCAMS_AH_058_SLX.9396.FastSeqB.fq.gz" ...
.. ..- attr(*, "v.names")= chr "value"
.. ..- attr(*, "times")= chr "ZSTumour10_OCCAMS_AH_088_SLX.9396.FastSeqH.fq.gz" "ZSTumour12_OCCAMS_ED_008_SLX.9396.FastSeqJ.fq.gz" "ZSTumour13_OCCAMS_AH_086_SLX.9396.FastSeqK.fq.gz" "ZSTumour2_OCCAMS_AH_058_SLX.9396.FastSeqB.fq.gz" ...
..$ v.names: chr "value"
..$ idvar : chr "id"
..$ timevar: chr "sample"