Question

我有一组包含以下内容的数据：项目，关联群集，轮廓系数。如有必要，我可以使用更多信息进一步扩充此数据集。

我想在R中生成一个轮廓图。我遇到了麻烦，因为我遇到的例子使用内置的kmeans（或相关的）聚类函数并绘制结果。我想绕过这一步并为我自己的聚类算法生成图，但我最终没有为绘图函数提供正确的参数。

谢谢。

修改

数据集示例https://pastebin.mozilla.org/8853427

我尝试过的是加载数据集并使用基于https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/silhouette.html的各种参数将其传递给plot函数

Answer 1

包MAIN中的函数silhouette可以为您创建图表。它只需要一个集群成员资格的向量（由您选择的任何算法生成）和一个相异度矩阵（可能最好使用与生成集群时相同的一个）。例如：

cluster

编辑：对于k-means（使用平方欧几里德距离）

library (cluster)
library (vegan)
data(varespec)
dis = vegdist(varespec)
res = pam(dis,3) # or whatever your choice of clustering algorithm is
sil = silhouette (res$clustering,dis) # or use your cluster vector
windows() # RStudio sometimes does not display silhouette plots correctly
plot(sil)

R中的剪影情节

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