Question

我正在尝试编写一个AWK脚本来解析窗体

的文件

> field1 - field2 field3 ...
lineoftext
anotherlineoftext
anotherlineoftext

我正在检查使用正则表达式，如果第一行是正确的（以＆gt;开头，然后有一些东西），然后打印所有其他行。这是我写的脚本，但它只验证文件的格式是否正确，然后不打印任何内容。

#!/bin/bash
# FASTA parser

awk ' BEGIN { x = 0; }
{ if ($1 !~ />.*/ && x == 0)
    { print "Not a FASTA file"; exit; }
  else { x = 1; next; }
  print $0 }
END { print " - DONE - "; }'

Answer 1

基本上你可以使用以下awk命令：

awk 'NR==1 && /^>./ {p=1} p' file

在第一行NR==1上，它检查该行是以>后跟“某事”（/^>./）开头的。如果该条件为真，则变量p将设置为1。最后的p检查p是否为真，并在这种情况下打印该行。

如果要打印错误消息，需要稍微恢复逻辑：

awk 'NR==1 && !/^>./ {print "Not a FASTA file"; exit 1} 1' file

在这种情况下，如果第一行没有以>开头，程序将打印错误消息并退出程序。否则，所有行都会被打印，因为1总是计算为true。

Answer 2

对于这个OP字面意思

awk 'NR==1{p=$0~/^>/}p' YourFile
# shorter version with info of @EdMorton
awk 'NR==1{p=/^>/}p' YourFile

for the line after＆gt; （包括）

awk '!p{p=$0~/^>/}p' YourFile
# shorter version with info of @EdMorton
awk '!p{p=/^>/}p' YourFile

Answer 3

由于你所关心的只是第一行，你可以检查一下，然后退出。

awk 'NR > 1 { exit (0) }
    ! /^>/ { print "Not a FASTA file" >"/dev/stderr"; exit (1) }' file

正如评论中所述，>"/dev/stderr"是不可移植的黑客，可能对您不起作用。如果你想要一个符合标准Unix工具所期望的工具（如果没有问题则静默运行;将问题报告给标准错误），将它视为稍微复杂的占位符。

AWK脚本检查文件的第一行，然后打印其余文件

3 个答案: