带有pheatmap

时间:2015-11-28 20:13:24

标签: r plot heatmap pheatmap

我正在尝试使用layout来绘制多个面板,其中一个面板是热图。我一直在用pheatmap绘制热图,这提供了一个非常方便的配色方案。

pheatmap的代码可用here

当我尝试以这种方式使用pheatmap时,它总是在新页面上绘图。我想这是因为它使用了grid包?我有办法用pheatmap吗?

在条形图旁边生成热图的示例代码,但由于热图在下面的新页面上绘制,因此不会生成热图:

xlay=layout( matrix(c(2,2,1),nrow=1) )
layout.show(xlay)
barplot(rnorm(8),horiz=T)
pheatmap(matrix(rnorm(80),nrow=8))

1 个答案:

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在ggplot中制作条形图

bar <- ggplot()  

将条形图和热图都分配给变量

heat <- pheatmap(matrix(rnorm(80),nrow=8))

然后使用gridExtra包制作面板图,将热图保存为对象,您可以通过评估对象中的第4个项目来再次绘制图。

grid.arrange(bar, heat[[4]], nrow = 1)