Question

我正在使用RDKit包将一些SMILES转换为指纹。

我的问题，我使用Scikit学习，我想做一个简历。对于CV，我需要np.array数据结构...... 对于某种指纹，我将数据结构转换为0和1的结构。这只是一个任意的例子

打印x：一个包含很多的vektor： 0x05E498F0对象的rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect对象将是createt

X = np.array（x）的 print x：将创建1和0的向量。

我不知道为什么numpy数组转换，改变类型？

对于像0x05DDF960这样的对象，如rdkit.DataStructs.cDataStructs.LongSparseIntVect对象 numpy将向量更改为相同的结构。

我只是问，因为从4个指纹中的2个，我得到了这个错误，由于numpy转换：

AttributeError：'numpy.ndarray'对象没有属性'GetNumBits' 用于指纹摩根

from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem import MACCSkeys
import numpy as np


ms = [Chem.MolFromSmiles('CCOC'),    Chem.MolFromSmiles('CCO'),Chem.MolFromSmiles('COC')]
fps = [MACCSkeys.GenMACCSKeys(x) for x in ms]
a=DataStructs.FingerprintSimilarity(fps[0],fps[1])


#everything is fine
print fps
print a
# output: [<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CE30>, <rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CE68>, <rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CEA0>]


#now the error occures

fps=np.array(fps)
print fps

#output: [[0 0 0 0 1 0 1 .....] [1 0 0 0 1...0 1] [1 0 0 .... 1 1]
a=DataStructs.FingerprintSimilarity(fps[0],fps[1])
#AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'GetNumBits'

DrückenSieeine beliebige Taste。。。 print fps

将数组转换为Numpy数组会更改值

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