Question

我正在调用来自R Markdown的shell程序，就像这样

```{sh}
SomeShellProgram -options
```

并将文件呈现为HTML。计算确实需要一些时间，因此作者包括一个自我更新的进度“栏”，看起来像这样：

45Mb 12.4％935 OTU，3485嵌合体（6.7％）

但是，特别是如果进度缓慢，它将每0.1％左右更新一次。每行都在HTML中单独呈现，最多可以提供1000行进度条。

我不想完全抑制输出，例如在块选项中使用echo=FALSE。我正在制作一份报告，而且印刷的信息非常重要。

我正在寻找一种黑客，它会以某种方式捕获最后的X行并渲染它们，或者使用grep或类似的东西来捕获100%左右的行。

我尝试使用> output.txt重定向输出，但进度未打印到文件中（尽管有其他信息）。

在没有给出完整示例的情况下，我想不出提供可重现的示例的方法，对不起。

对于那些感兴趣的人：我正在尝试制作一份关于16S Illumina测序数据分析的报告，我正在使用Usearch，而且让我头疼最多的命令是usearch -cluster_otus命令。

更新

渲染最后X行还有一个问题：输出中的进度条由^M（回车字符）分隔，而不是换行符，因此less仅将其识别为单行。因此，我的最终解决方案包括

将带有2>的进度条的输出重定向到文件
使用^M

sed

使用less

在mac osx上执行此操作的我的（伪）代码如下（其中X =行数）

FunctionWithProgressBar -option 2> tempfile.tmp
sed -ibak $'s/\x0D/\\\n/g' tempfile.tmp
tail -nX tempfile.tmp

和：

```{sh, results="hide"}
FunctionWithProgressBar -option 2> tempfile.tmp
```
```{sh, echo=FALSE}
sed -ibak $'s/\x0D/\\\n/g' tempfile.tmp
tail -nX tempfile.tmp
```

请注意，匹配退格是一个痛苦的对接（特别是在osx上）和平台之间的变化。

Answer 1

进度条可能位于sterr流中，因此您可以使用＆＃34; 2＆gt;＆＃34;而不是＆＃34;＆gt;＆＃34;所以你可以分别捕获stderr和stdout，例如：

usearch blablabla 2> only_err > only_stdout

或者如果你想把所有输出放在一起，你必须将stderr重定向到stdout，并做一个追加，如下：

usearch blablabla >> total_output 2>&1

对于R-markdown部分，我无法提供帮助，从未使用过，抱歉。

的问候，

Moritz的

仅在R Markdown

1 个答案: