Question

我一直试图找到解决方案一段时间，但尚未发现任何令人满意的事情。我编写了很多bash脚本，但有时我想使用R或Python作为脚本的一部分。现在，我最终不得不写两个脚本;原始bash脚本执行任务的前半部分，而R或Python脚本执行后半部分任务。我在bash脚本中调用R / Python脚本。

我对这个解决方案不满意，因为它将我的程序分成两个文件，这增加了事情不同步的机会，更多的文件要跟踪等等。有没有办法写一个包含的文本块我的整个R / Python脚本，然后将bash吐出到一个文件中并将参数传递给它＆amp;执行它？有更简单的解决方案吗？这比将简单的单行传递给R / Python更复杂，因为它通常涉及通过几个步骤创建和操作对象。

Answer 1

可能有很多解决方案，但这个解决方案有效：

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  rnorm($1)
EOF

如果您希望灵活地将额外的bash参数传递给R，我建议：

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave --args $@ <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  args <- as.numeric(commandArgs(trailingOnly=TRUE))
  do.call(rnorm,as.list(args))
EOF

这允许灵活数量的参数，但假设它们都是数字
它还假设所有参数都将从bash脚本传递到R子脚本

显然你可以放松这些，例如从位置参考参数

Answer 2

这是python的一个示例，类似于Ben Bolker的回答

#!/bin/bash
python << EOF
print 'Hello $1'
EOF

输出：

> sh test.sh "world"

Hello world

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您也可以将变量从bash传递到python：

for ((i=1;i<=$1;i++)) do
python << EOF
print 'Hello world $i times'
EOF
done

输出：

> sh test.sh 5

Hello world 1 times
Hello world 2 times
Hello world 3 times
Hello world 4 times
Hello world 5 times

为正常工作导入pandas，numpy，matplotlib和其他工作正常。

从bash脚本中生成并执行R，Python等脚本

2 个答案:

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