facet_wrap绘制不正确的x轴坐标

Question

我只是不明白这一点。

这是我的基因组数据

structure(list(chr = c(10, 10, 11, 12, 13, 13, 17, 2, 20, 22, 
3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 7, 7, 8), leftPos = c(240000, 24840000, 
7200000, 6120000, 14880000, 18120000, 8760000, 53280000, 10680000, 
8640000, 13320000, 46920000, 12000000, 13560000, 16680000, 30360000, 
16440000, 2280000, 31560000, 28320000), Means.x = c(255.903115167852, 
250.944147412273, 221.51819750622, 351.093122004609, 289.007439556107, 
219.45204288982, 225.535183746474, 457.871356482534, 253.497055532121, 
252.20121505887, 342.200678275566, 373.699212483745, 1014.42590543955, 
221.696823711274, 240.80888805777, 249.180706358065, 284.401983997314, 
269.740366732235, 278.570789472848, 280.990393375634), Def.x = c(1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), Means.y = c(236.86281805995, 
226.558139428814, 242.372785637286, 250.366569266078, 300.979628259253, 
241.055506095359, 227.580531582224, 373.326888100031, 212.752136489909, 
422.948449610324, 224.089190457845, 310.029877851832, 1014.42590543955, 
249.285880751277, 285.16587617125, 230.051744541219, 221.151463979895, 
289.409617875006, 317.10711734718, 262.296533161901), Def.y = c(1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1)), .Names = c("chr", 
"leftPos", "Means.x", "Def.x", "Means.y", "Def.y"), row.names = c(NA, 
-20L), class = "data.frame")

我试图根据每个染色体根据它们的位置（leftPos）简单地绘制1的值。

但是使用以下代码：

ggplot(ZoutliersM,aes(x = ZoutliersM$leftPos,y = as.numeric(ZoutliersM$Def.x),
                         xend=ZoutliersM$leftPos,yend=0))+

  geom_point(fill="magenta",size=2,colour="red")+
  facet_wrap(~ chr)

我得到的情节如下：

这看起来很好但是这些染色体上的点不在x轴的正确位置。例如，染色体22有一个点，根据数据集应该是

 chr leftPos    Means     Def
  22 8640000    422.9484   1

但是当我看到情节时，它超过了20到30M之间

为什么要像这样绘制，我该如何纠正？它好像x轴刻度与图表无关。

Answer 1

出于某种原因，

ggplot有一个data参数。当您在aes()中重新指定数据框时，它会覆盖为分面完成的子集和排序。只是不要重新指定数据框的名称（没有mydata$column），一切正常：

ggplot(ZoutliersM,
       aes(x = leftPos,
           y = as.numeric(Def.x),
           xend = leftPos,
           yend = 0)) +
  geom_point(fill = "magenta", size = 2, colour = "red") +
  facet_wrap(~chr)

现在我们可以看到，在“22”方面，正如预期的那样，这一点略低于10M。

另外两个注释：

• 为geom_point指定“填充”将不会执行任何操作，除非您还使用具有单独填充和颜色的形状，例如shape = 21

• 在dput数据中，Def.x已经是数字，因此您无需转换它。如果以前是一个因素，请确保使用as.numeric(as.character(Def.x))转换，否则您只需将级别而不是数值转换为数字。