Question

我收到了单个fMRI会话的多个Nifti-Images，其中每个卷扫描已保存到单个3D-Nifti文件中。这些名称命名为foobar_001.nii＆＃39;，...，＆＃39; foobar_187.nii＆＃39;。我想合并这些并编写以下for循环来执行此操作。

import numpy as np
import nibabel as ni

def merge_nii_files (sfile, ns):
    # This will load the first image for header information
    img = ni.load(sfile % (3, ns[0]))
    dshape = list(img.shape)
    dshape.append(len(ns))
    data = np.empty(dshape, dtype=img.get_data_dtype())

    header = img.header
    equal_header_test = True

    # Now load all the rest of the images
    for n, i in enumerate(ns):
        img = ni.load(sfile % (3,i))
        equal_header_test = equal_header_test and img.header == header
        data[...,n] = np.array(img.dataobj)

    imgs = ni.Nifti1Image(data, img.affine, header=header)
    if not equal_header_test:
        print("WARNING: Not all headers were equal!")
    return(imgs)

nii_files = "example_%0*d.nii"
images = merge_nii_files(nii_files, range(1,187))

如您所见，我想确保标题信息也被复制。我的问题：这是＆＃39; header = header＆＃39;真的够吗？我问，因为imgs有4元组的形状，但我使用的标题来自3元组的形状。我对nibabel或Nifti文件格式的内部结构并不太熟悉。我错过了什么，即我需要复制其他内容吗？

Answer 1

不，我没有错过任何东西。以上作品。

使用nibabel合并多个MRI图像时复制标题

1 个答案: