Question

当我尝试使用以下命令安装R依赖项时，我遇到了一些麻烦：

install.packages(c(“Rcpp”,”RJSONIO”,”bitops”,”digest”,”functional”,”itertools”,”reshape2″,”string    ”,”plyr”,”caTools”),repos=’http://cran.revolutionanalytics.com’)

包已下载但我得到的只是消息

/ usr / lib64 / R / bin / R：第8行：uname：找不到命令 / usr / lib64 / R / bin / R：第143行：exec：sh：未找到

重复尝试安装的软件包数量。

我在Hortonworks Sandbox中使用R版本3.2.2，rstudio-server 0.99.489和hadoop 2.3（Oracle Virtualbox）。

你有什么建议吗？

感谢您的帮助。

Answer 1

我知道这个问题是在7个月前被问到的。但我只是遇到了stefanod做的同样的问题，而且我在没有找到解决方案的情况下左右搜索。然后，完全没有合理的理由，它只是工作。这是我尝试过的，最终解决了我的问题：

所以我在VMWare中的Hortonworks Hadoop Sandbox R 3.2.2中使用rstudio-server 0.98.994，HDP 2.4。我使用Shell Web Client Method登录虚拟机。整个过程使用root权限完成。我按照此说明操作：https://jsolderitsch.wordpress.com/hortonworks-sandbox-r-and-rstudio-install/，但我使用了R和RStudio Server的更新版本。一切正常，直到我在shell中调用R并尝试

install.packages('foo.bar', repos='http://cran.revolutionanalytics.com')

然后我有与此Q中完全相同的错误消息。

我检查了我的$PATH，并使用whereis COMMANDNAME检查我是否在正确的地方有uname命令。好像我做了。

然后我退出R。在CentOS内部，我使用wget手动下载包及其依赖项的.tar.gz个文件。然后我尝试手动安装这些软件包：

[root@sandbox ~]# sudo R CMD INSTALL foo.bar.tar.gz                                                                                    
* installing to library ‘/usr/lib64/R/library’                                                                                              
* installing *source* package ‘foo.bar’ ...                                                                                                  
** package ‘foo.bar’ successfully unpacked and MD5 sums checked                                                                              
** libs                                                                                                                                     
sh: make: command not found                                                                                                                 
ERROR: compilation failed for package ‘foo.bar’                                                                                              
* removing ‘/usr/lib64/R/library/foo.bar’                                                                                                    
sh: rm: command not found

目前已安装RStudio。所以我在浏览器的8787端口登录RStudio并在install.packages中尝试了RStudio，并且每个软件包都安装得很好。

我认为take-home消息是在shell中RStudio而不是R内安装软件包。

BTW我也无法以root身份登录RStudio;说无效的用户名和密码。

在Hortonworks Sandbox上安装R hadoop 2.3

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