Question

我的代码贯穿一系列DNA，并记录了该序列中遇到的ORF的位置。我想完成两件事。

使程序循环，直到它发现所有的ORF不是它通过的第一个
将结果写入文本文件

我已将其设置为在文本文件中写入结果，但结果存储在元组中（每次在序列中找到ORF时都会更改）。这使得最后的文本文件只包含输入的最后一个序列的最后一个ORF，而不是创建列表。

我的代码：

\1

输出文件导致：

class SeqAnalyzer :
    def __init__(self,sequence):
        self.input = Seq(sequence)
        self.reverse = self.input.reverse_complement()
        self.sequence = str(self.input)
        self.stopcodons = ["TAG", "TAA", "TGA"]
        self.start = 'ATG'
        self.length = 0
        self.result = ("+",0,0,0,0)

    def codon(self,frame):
        start = frame
        while start +3 <=len(self.sequence):
                yield (self.sequence[start:start+3],start)
                start += 3


    def ORF(self, frame, direction):
        orf_beg = 0
        for i, index in self.codon(frame):
            if (
                (str(i) in self.start) or
                (not self.start and i not in str(self.stopcodons))
                ):
                    orf_beg = index + 1
            elif i in self.stopcodons:
                orf_ending = index + 3
                length = (orf_ending - orf_beg) + 1
                if length > self.length:
                    self.length = length
                    self.result = (direction, frame, orf_beg, orf_ending, length)
                break

    def direction(self):
        direction = "+"
        for frame in range(3):
          self.ORF(frame, direction)
        direction = "-"
        for frame in range(3):
            self.sequence = self.reverse
            self.ORF(frame, direction)
        self.results()

    def results(self):
        print(self.result)
        file = open("tass2ORFdata-ATG-100.txt","w")
        file.write("{}{:d} {:>5d}..{:>5d} {:>5d}".format(
                self.result[0], self.result[1], self.result[2],
                self.result[3], self.result[4])
                )

而不是元组在不同点包含的所有变体：

+1     0..   13    14

我已经尝试了各种方法来解决这个问题，但到目前为止还没有任何方法可以解决这个问题。

Answer 1

在"mqtt://<myhostname>:1883?maximumConnections=1000&wireFormat.maxFrameSize=104857600"集

中

__init__

然后，而不是分配到self.result = [("+",0,0,0,0), ]，您需要self.result到它：

append

然后是时候打印了：

self.result.append(direction, frame, ... )

使用更改元组写入文件

1 个答案: