R:基于数据框中的数据创建一个简单的图表,手动输入最少

时间:2015-11-12 01:48:26

标签: r data-visualization

我想从数据框创建一个简单的描述性树形图,只需要很少的手工工作。

看起来像这样:

enter image description here   但它需要在每个方框中都有样本大小。

我遵循以下功能:

  1. 根据数据框生成绘图(而不是显示的here更多手动选项)
  2. 能够改变分支机构的顺序(例如性别/年龄组/状态与状态/性别/年龄组)
  3. 为每个分支添加标签
  4. 为分支(例如男性\ n = 200女性\ n = 300)提供摘要统计信息,或者计算,或者可能是树中该点的总停留时间。
  5. 我发现这个胎面(here)使用了可以做系统发育树的猿包,这与我所追求的非常接近。

    这是一个使用'肺部的例子。数据集

    lung$status <- factor(lung$status)
    lung$sex <- factor(lung$sex)
    lung$ph.ecog <- factor(lung$ph.ecog)
    lung$Age[lung$age >60]<- "60+"; lung$Age[lung$age <=60]<- "<60"
    lung$Age <- factor(lung$Age)
    
    
    library(ape)
    newdata <- as.phylo(x=~sex/Age/status/ph.ecog,data=lung)
    plot.phylo(x=newdata,show.tip.label=TRUE,show.node.label=TRUE,no.margin=TRUE, root.edge=T)
    

    这接近我想要的东西(尽管我对最终节点感兴趣,这些节点是患者)。它符合标准1&amp; plot.phylo的帮助指向可能修复需求3的show.node.label(),但我无法使其工作。没有找到任何有助于满足第4功能要求的例子。

    任何建议都非常感谢!

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