我想从数据框创建一个简单的描述性树形图,只需要很少的手工工作。
看起来像这样:
我遵循以下功能:
我发现这个胎面(here)使用了可以做系统发育树的猿包,这与我所追求的非常接近。
这是一个使用'肺部的例子。数据集
lung$status <- factor(lung$status)
lung$sex <- factor(lung$sex)
lung$ph.ecog <- factor(lung$ph.ecog)
lung$Age[lung$age >60]<- "60+"; lung$Age[lung$age <=60]<- "<60"
lung$Age <- factor(lung$Age)
library(ape)
newdata <- as.phylo(x=~sex/Age/status/ph.ecog,data=lung)
plot.phylo(x=newdata,show.tip.label=TRUE,show.node.label=TRUE,no.margin=TRUE, root.edge=T)
这接近我想要的东西(尽管我对最终节点感兴趣,这些节点是患者)。它符合标准1&amp; plot.phylo的帮助指向可能修复需求3的show.node.label(),但我无法使其工作。没有找到任何有助于满足第4功能要求的例子。
任何建议都非常感谢!