Question

我正在使用名为bedpostx的fsl工具，该工具用于将扩散模型拟合到我的（预处理的）数据。问题是这个过程现在运行了24个多小时。我想通过穷人并行化来加速这个过程。为此，我应该在几个终端中运行bedpostx_single_slice.sh，将其应用于一批切片。我不断收到错误。这是我在终端中启动的命令：

bedpostx_single_slice.sh Tirocinio/Dati_DTI/DTI_analysis_copy 37

第一个输入是我的数据目录，37是我要分析的第i个切片。这是我得到的错误：

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what():  std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

不幸的是，关于这个工具的文档并不多，而且我在编程方面也很新。

如果它有帮助，那么就有bedpostx_single_slice.sh的脚本：

＆＃13;

#!/bin/sh
#   Copyright (C) 2012 University of Oxford

export LC_ALL=C

subjdir=$1
slice=$2
shift
shift
opts=$*

slicezp=`${FSLDIR}/bin/zeropad $slice 4`

${FSLDIR}/bin/xfibres\
 --data=$subjdir/data_slice_$slicezp\
 --mask=$subjdir/nodif_brain_mask_slice_$slicezp\
 -b $subjdir/bvals -r $subjdir/bvecs\
 --forcedir --logdir=$subjdir.bedpostX/diff_slices/data_slice_$slicezp \
 $opts  > $subjdir.bedpostX/logs/log$slicezp  && echo Done && touch $subjdir.bedpostX/logs/monitor/$slice

＆＃13;

Answer 1

现在，FSL团队将BedpostX很好地并行化了。你最好不要直接利用它。

如果您想要快速简便的并行化方法，请查看NeuroDebian的Parallelizing FSL without the pain。

通过并行化加速床柱

1 个答案: