Question

我有一些共聚焦显微镜保存为.lsm的图像堆栈，我想写一个宏：

在文件夹中打开图像
制作复合，然后叠加到RGB，然后设置动画选项
将此动画Gif保存到另一个文件夹

到目前为止我做了什么：

function stack_to_gif(input, output, filename, fps) {
    open(input + filename);
    run("Make Composite");
    run("Stack to RGB", "slices");
    run("Animation Options...",  "speed=fps");
    run("Animated Gif ... ", "name=title=[Do not use] optional=[] " +
    "image=[No Disposal] set=500 number=-1 transparency=[No Transparency] "     +
    "red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=output+filename");
    saveAs("Animated Gif...", output+filename);
    close();
}

inputDir=getDirectory("Choose an input location");
outputDir=getDirectory("Choose an output location");
fps=120;

setBatchMode(true);
list = getFileList(inputDir);
for (i = 0; i < list.length; i++){
    stack_to_gif(inputDir, outputDir, list[i], fps);
}
setBatchMode(false);

我知道这两个底部部分也可以在我在另一个宏中使用它们。

我的问题在于saveAs（＆＃34; Animated Gif ...＆＃34;）部分，因为它不允许我保存RGB类型，即使它在我手动操作时也能正常工作。 / p>

到目前为止我尝试了什么：

在saveAs中使用相同的run（＆＃34; GIF动画...＆＃34;）选项（＆＃34; GIF动画...＆＃34;）
使用其中一个但不是两个
使用run（＆＃34; 8-bit＆＃34;）;在动画选项之后，它有效（但我失去了颜色）

让我感到烦恼的是，当我手动操作时，它完全正常，但我收到错误消息

要保存为动画GIF，必须通过Image＆gt; Type＆gt; 8位颜色命令将堆栈转换为8位索引颜色。

而且我不知道为什么我自己这样做时不会发生这种情况。

感谢您的帮助。

Answer 1

当我使用宏录制器（插件＆gt;宏＆gt;记录... ）来记录与文件＆gt;对应的命令时另存为＆gt;动画Gif ...... ，我得到以下命令：

run("Animated Gif ... ", "name=[my new name] set_global_lookup_table_options=[Do not use] optional=[] image=[No Disposal] set=20 number=-1 transparency=[No Transparency] red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=/usr/temp/animated.gif");

在您的命令中，部分name=title=[Do not use]似乎是错误的。如果要使用当前图像标题，请使用字符串连接来插入变量的内容：

run("Animated Gif ... ", "name=[" + myTitle + "] set_global_lookup_table_options=[Do not use] optional=[] image=[No Disposal] set=20 number=-1 transparency=[No Transparency] red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=/usr/temp/animated.gif");

但无论如何，name参数不需要，因为它将被包含整个文件路径的filename参数覆盖，因此您可以安全地将其保留。

以同样的方式，您可以省略任何与默认值无差异的参数。在我的测试中，这也很有效：

run("Animated Gif ... ", "set=20 filename=/usr/temp/animated.gif");

注意：保存GIF动画时，播放速度仅由设置延迟（以毫秒为单位）参数（在我的示例中为set=20）决定，因此正在运行run("Animation Options...", "speed=fps");对保存的文件没有影响。（请参阅source code。wiki page似乎已经过时/错误。请随意自行更正文档，这是一个维基。）

Answer 2

我们遇到了同样的问题。您需要更改＆＃34; set_global_lookup_table_options＆＃34;中的选项。从[不使用]到[从当前图像加载]。此函数将动画gif中的z-stack保存为50us延迟（设置= 50），并且它可以解决颜色问题。

function animated_gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Animated Gif ... ", "set_global_lookup_table_options=[Load from Current Image]" +
"optional=[] image=[No Disposal] set=50 number=-1 transparency=[No Transparency]" +
"red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=output+filename");
saveAs("Animated Gif...", output+filename);
close();
}

如果你想加快速度，你可以使用：

function gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Properties...", "frame=[0.1 sec]");
saveAs("Gif", output+filename);
close();
}

希望它有所帮助。

Image J：将堆栈保存为GIF动画

2 个答案: